متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم‌الله الرحمن الرحیم

با تاسف و تاثر، خبر درگذشت عالم و متفکر برجسته، جناب آقای محمدرضا حکیمی قدّس‌الله‌نفسه را دریافت کردم. ایشان دانشمندی جامع،  ادیبی چیره‌دست، اندیشه‌ورزی نوآور و اسلام‌شناسی عدالتخواه بودند. ایشان عمر را فارغ از آرایه‌ها و پیرایه‌های مادی، در خدمت معارف والای قرآن و سنت گذرانده و آثاری ارزشمند از خود به جا نهادند. بهره‌گیری از محضر پرفیض و نفس گرمِ استادان معرفت و معنویت در مشهد مقدس، ذخیره‌ای از توکل و تعبد و غنای نفس در دل و جان این شخصیت عزیز به جا نهاده بود که تا آخر عمر با برکتش وی را استوار می‌داشت. اینجانب فقدان اندوهبار این رفیق دیرین را به خاندان مکرم حکیمی و بازماندگان به‌ویژه برادر بزرگوار ایشان و نیز به همه دوستان و علاقه‌مندان آن مرحوم تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی را برای وی مسألت می‌نمایم.

سیدعلی خامنه‌ای

۱ شهریور ۱۴۰۰