متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسمه تعالی

درگذشت عالم بزرگوار جناب حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج‌شیخ حیدرعلی جلالی‌خمینی رحمةالله‌علیه را به خاندان و فرزندان مکرم و ارادتمندان ایشان تسلیت عرض می‌کنم. آن مرحوم از شاگردان قدیمی امام‌راحل و متکفل مسوولیت‌هایی از سوی معظم‌له پس از انقلاب بودند و نمونه‌ای از یک روحانی فعال و پر‌نشاط محسوب می‌شدند. از خداوند رحمت و مغفرت و رضوان برای ایشان مسالت می‌کنم.

سیدعلی خامنه‌ای/  ۱۶ بهمن ۱۳۹۹