متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم

دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای و دفاعی کشور جناب آقای محسن فخری‌زاده به دست مزدوران جنایتکار و شقاوت‌پیشه به شهادت رسید. این عنصر علمی کم‌نظیر جان عزیز و گرانبها را به‌خاطر تلاش‌های علمی بزرگ و ماندگار خود، در راه خدا مبذول داشت و مقام والای شهادت، پاداش الهی اوست. دو موضوع مهم را همه‌ دست‌اندرکاران باید به جد در دستور کار قرار دهند، نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه‌ بخش‌هایی که وی بدان‌ها اشتغال داشت. اینجانب به خاندان مکرم او و به جامعه‌ علمی کشور و به همکاران و شاگردان او در بخش‌های گوناگون، شهادت او را تبریک و فقدان او را تسلیت می‌گویم و علو درجات او را از خداوند مسالت می‌کنم.

سیدعلی خامنه‌ای

۸ آذر ۱۳۹۹