علا هاشمی شاهرودی در ادامه با اشاره به عیادت مقام معظم رهبری از آیت‌الله هاشمی شاهرودی پس از انجام عمل جراحی گفت: آقا به پدر توصیه کردند که به حرف پزشکان گوش کنید و حاج آقا گفتند چشم. پسر آیت‌الله هاشمی شاهرودی ادامه داد: اما حاج آقا گوش نکردند. ایشان یک مقدار به دلیل اختلافات میان پزشکان، مردد شدند.

او افزود: برخی افراد به آیت‌الله محمود هاشمی‌شاهرودی گفتند به حرف پزشکان جدید توجه نکند.علا هاشمی شاهرودی با بیان اینکه پدر دو سال پیش زمانی که متوجه بیماری شد، در روند درمان بیماری‌اش به طب سنتی اعتماد کرد، گفت: این امر منجر به ایجاد فاصله بین درمان و از کنترل خارج‌شدن بیماری شد.او درباره ادعاهایی مبنی بر خطای پزشکی در جریان جراحی آیت‌الله هاشمی شاهرودی نیز گفت: موضوع کلیه ایشان، بحث میان پزشکان بود که برخی می‌گفتند این جراحی را انجام ندهید و برخی هم می‌گفتند انجام دهید. دکترها هم مانند مراجع‌اند که هر کدام نظر خود را می‌دهند.

در سال‌های اخیر درباره طب سنتی، مناقشات گسترده‌ای مطرح بوده است. آیت‌الله محمود هاشمی‌شاهرودی خود از جمله افرادی بود که حامی احیای طب سنتی بود.  آیت‌الله شاهرودی ۳۰ دی سال ۹۶، پس از بازگشت از سفر درمانی آلمان در نخستین سخنان خود بر احیای طب سنتی تاکید کرد.

بر اساس گزارش روابط عمومی مجمع تشخیص مصلحت نظام، آیت‌الله هاشمی شاهرودی، توجه به داشته‌های علمی کشورمان در حوزه طب قدیم را خواستار شده و گفته بود: توجه به طب سنتی به معنای بی‌توجهی به یافته‌ها و پیشرفت‌های پزشکی روز نیست، بلکه مقصود احیای طب قدیم و تبدیل آن به علم روز و مکمل پزشکی نوین است.درباره بیماری او گمانه‌زنی‌های متعددی شد. با آنکه در ایران، بیماری وی یک «بیماری گوارشی نسبتا شایع» عنوان شد، اما در دی‌ماه ۹۷ یک روزنامه آلمانی از بستری بودن آقای شاهرودی در بنیاد علمی بین‌المللی علوم مغز و اعصاب در هانوفر آلمان خبر داد.اندکی پس از تایید این خبر از سوی شماری از رسانه‌های داخلی و انتشار عکسی از پروفسور مجید سمیعی، رئیس این مرکز در کنار آقای شاهرودی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت به ایران بازگشت. وی از ۱۶ تیرماه ۱۳۹۷ دیگر در جلسات مجمع تشخیص مصلحت نظام حضور نیافت و دوم دی ماه سال گذشته نیز برخی رسانه‌ها حال آیت‌الله هاشمی شاهرودی را وخیم گزارش کردند. آیت‌الله سید محمود هاشمی شاهرودی در سوم دی ماه ۱۳۹۷ در بیمارستان خاتم‌الانبیای تهران درگذشت. مراسم تشییع و اقامه نماز بر پیکر آیت‌الله هاشمی شاهرودی، صبح روز چهارشنبه ۵ دی ماه سال گذشته در مصلای امام خمینی(ره) تهران برگزار شد و در این مراسم مقام معظم رهبری بر پیکر ایشان نماز خواندند. پیکر آیت‌الله هاشمی شاهرودی در قم و در کنار قبور علما به خاک سپرده شده است.