در متن پیام رهبر انقلاب اسلامی آمده است:

«رحلت عالم جلیل مرحوم آیت‌الله آقای حاج سیدمهدی خلخالی رضوان‌الله‌علیه را به بیت محترم و همه ارادتمندان و شاگردان ایشان در تهران و مشهد تسلیت عرض می‌کنم. ایشان فقیهی عالیقدر و مدرسی بزرگ بودند و خدمات دینی و علمی با‌ارزشی به حوزه‌های علمیه و به محیط دینی کشور ارائه کردند. نوشته‌‌ای متین در باب حکومت اسلامی مانند دیگر نوشتجات فقهی و اصولی از یادگارهای برجسته ایشان است. از خداوند متعال رحمت و مغفرت و علوّ درجات ایشان را مسالت می‌کنم.»