او در مصاحبه با روزنامه سعودی «الشرق‌الاوسط»، امضای قریب‌الوقوع توافق‌نامه بین دولت مستعفی یمن و جنوب این کشور را جهشی بزرگ در رابطه با ثبات یمن و آینده آن به‌خصوص پس از نشست‌های مهم در جده توصیف کرد و مدعی شد قطر در برابر حل‌وفصل بحرین یمن کارشکنی می‌کند که از مواضع رسانه‌ای آن در شبکه الجزیره مشخص است. او مدعی شد که «نقش قطر در یمن همواره شکست‌خورده بوده و هرگز موفق نخواهد شد، زیرا ملت یمن در نهایت بر قطر و مداخله ایران پیروز خواهد شد.» آل‌خلیفه در ادامه ادعا کرد که قطر در امور داخلی بسیاری از کشورها اعم از یمن، لیبی، کشورهای حاشیه خلیج‌فارس و عراق کارشکنی می‌کند.