وزارت اطلاعات در این نامه با اشاره به صفحات ۱۴ و ۱۵ گزارش کمیسیون نوشت: این صفحات عینا بخشی از نامه این وزارتخانه است اما به‌دلیل درج ناقص مطلب شائبه‌های متعددی ایجاد کرده مبنی‌بر اینکه طی دو سال گذشته ۲۱۰ مدیر دو تابعیتی در نظام شناسایی شده است. حال آنکه در گزارش این وزارتخانه تاکید شده بود که طی دو سال گذشته از ۱۹حوزه‌ای که استعلام شده بود تعداد ۲۱۰ نفر به‌دلیل دوتابعیتی، اقامت از نوع گرین کارتی، رد صلاحیت شده‌اند و در ادامه به پنج حوزه اشاره شده بود مانند: اشتغال در مراکز دولتی و حکومتی یا همکاری با مراکز حساس، دولتی، علمی، دانشگاهی، آموزشی و نظامی و... بنابراین بخش عمده‌ای از استعلامات مربوط به گزینش و همکاری بوده (اعم از بخش‌های حکومتی، دولتی و حتی خصوصی). لذا چنانچه این قسمت از متن نامه این وزارتخانه به‌صورت کامل درج می‌شد، شائبه مذکور ایجاد نمی‌شد تا موجب بروز ذهنیت‌های منفی شود. همچنین در صفحه ۲۳ گزارش کمیسیون نیز به «عدم‌همکاری و مسامحه وزارت اطلاعات در این امر مهم...» اشاره شده که به‌دلیل استفاده از عبارات کلى، کأنّهُ تمام مشکلات موضوع دوتابعیتی‌ها بر دوش این وزارتخانه قرار گرفته است؛ در‌حالی‌که با وجود تمام خلأها، سربازان گمنام امام زمان (عج) بدون ادعا و جنجال مجاهدت‌های زیادی کرده و می‌کنند تا از حضور افراد دو تابعیتی و مظنون در دستگاه‌های حاکمیتی و حتی بعضا خصوصی مهم جلوگیری کنند.

در ادامه این نامه آمده است: حسب مذاکره به عمل آمده با آقای کریمی قدوسی، رئیس هیات منشأ درج مطلب مذکور عدم‌پاسخگویی به مکاتبه دادستان محترم کل کشور بوده است.