یکی از موضوعاتی که در ماجرای ملی شدن بانک‌ها سوال‌برانگیز شد این است که مهندس بازرگان در بیانیه منتشرشده در خرداد ۵۸ از «مدیریت» بانک‌های خصوصی از سوی دولت می‌گوید و «مالکیت» را متعلق به مردم می‌داند، درحالی که در عمل بانک‌های خصوصی پس از ملی شدن به مایملک دولت بدل شدند.
معین‌فر که خود پیشنهاددهنده ملی شدن بانک‌ها در شورای اقتصاد بوده، می‌گوید: مولوی رئیس کل وقت بانک مرکزی و اردلان وزیر دارایی، «معتقد بودند دولت نباید مدیریت بانک‌ها را ملی کند، بلکه به صورت موقت می‌تواند مدیرانی انتخاب کند تا بانک‌ها را اداره کنند. آقای مولوی خصوصا معتقد بود بانک مرکزی باید برای بانک‌ها مدیران دوره گذار انتخاب کند و بعد که اوضاع سامان پیدا کرد، مدیران منصوب شده، از بانک‌ها خارج شوند و مدیران قبلی بانک‌ها را تحویل خواهند گرفت.»
هر چند آن زمان هنوز موضوع «مالکیت» مطرح نشده بود، اما معین‌فر مخالف مدیریت موقت دولت بود: «من در عین حال که مخالف سلب مالکیت از افراد بودم، اما مدام به دوستان گوشزد می‌کردم: طوری نشود که فردا صاحبان سهام بیایند و سهم‌شان را طلب کنند. مثل این بود که دولت با همه گرفتاری‌هایی که داشت، اسبی را تیمار می‌کرد و بعد زین کرده تقدیم می‌کرد. راستش من از همین مثال اسب استفاده کردم و گفتم روزی می‌رسد که سرمایه‌داران فراری بانک‌ها برمی‌گردند و از دولت اسب‌شان را طلب می‌کنند. در ابتدای انقلاب، ارزش سهام بانک‌ها به شدت پایین بود.»
با وجود تلاش‌های معین‌فر، در نهایت «پیشنهادی که به شورای انقلاب رفت، مدیریت موقت بود، نه ملی شدن.» اما رئیس سازمان برنامه و بودجه که به درستی تحلیلش اعتقاد داشت، بیکار ننشست و تلاش‌های دیگری را آغاز کرد: «نگران بودم که در شورای انقلاب کنکاش لازم صورت نگیرد. بنابراین به آقای بنی‌صدر و سحابی زنگ زدم و موضوع را برایشان تشریح کردم. آن روزها آقای سحابی در تهران بود و کمتر به مسافرت می‌رفت، اما آقای بنی‌صدر مدام در رفت و آمد بود و من نگران بودم که نکند روز طرح مساله در شورا، ایشان حضور نداشته باشد. بنابراین تماس گرفتم و به آقای سحابی و بنی‌صدر تاکید کردم که حتما در نشست شورای انقلاب حضور داشته باشد که بررسی کافی انجام گیرد... آقایان با دقت به این حرف‌ها گوش دادند. می‌دانستم اعضای شورا به نظرات این دو گوش می‌کنند.»
معین‌فر فرآیند طی شده برای تصویب طرح ملی شدن بانک‌ها را در شورای انقلاب چنین روایت می‌کند: «طرح در شورا مطرح شد. ابتدا همان بحث مدیریت بانک‌ها توسط دولت مطرح شد، اما بنی‌صدر گفت: چرا بانک‌ها را ملی نمی‌کنید؟ ملی کنید که تکلیف مشخص باشد. آقای سحابی هم دفاع کرد و به این ترتیب طرح ملی شدن بانک‌ها در شورای انقلاب رای آورد.
اما ملی کردن بانک‌ها به این سادگی‌ها نبود. موضوع مالکیت خصوصی یکی از بحث‌برانگیزترین مسائلی بود که در ابتدای انقلاب در فضای چپ‌زده آن روزگار مطرح بود و باید فکری به حالش می‌شد. اینچنین بود که بحث بر سر بانک‌ها به مسائل شرعی هم کشیده شد. معین‌فر می‌گوید: «در شورا هم مطرح شد که ملی کردن بانک‌ها به مفهوم مصادره کردن نیست، به این معنی نبود که اگر کسانی سهم دارند، سهام‌شان را دولت ندهد. می‌دانستیم که سهام به صورت عمده در دست افرادی است که فرار کرده‌اند. این بحث هم مطرح شد که این افراد رفته‌اند و دیگر نمی‌آیند، حتی بحث‌های شرعی هم مطرح شد، اما در نهایت با این استدلال که افرادی که رفته‌اند دیگر بازنمی‌گردند، چون محاکمه خواهند شد، سهام آنها به تملک دولت درآمد.»
او درباره تبعات اجرای این طرح می‌گوید: «آقای بازرگان ملی شدن بانک‌ها را روز پنج‌شنبه اعلام کردند و شنبه در روزنامه‌ها منتشر شد و رادیو و تلویزیون هم اعلام کرد. دو روز بانک‌ها تعطیل شد و درحالی که پیش‌بینی می‌کردیم ممکن است مردم به بانک‌ها هجوم بیاورند، هیچ اتفاقی نیفتاد و آب از آب تکان نخورد. کارمندان بانک‌ها خیلی خوشحال بودند و نظر مثبت به مردم می‌دادند، بنابراین کسی نگران نشد.»
به نقل از متن گفت‌وگو با علی‌اکبر معین‌فر، رئیس وقت سازمان برنامه و بودجه مندرج در هفته‌نامه تجارت فردا، شماره ۷۴