محمدعلی شاه با کمک سربازان سیلاخوری، اوباش و قزاق‌های روس‌ توانست آزادیخواهان را شکست دهد و بگیر و ببند آغاز شد. گروهی از مخالفان شاه دستگیر و تعدادی اعدام شدند... شاه اما چند روز بعد عفو عمومی اعلام کرد و به مردم تهران امان داد...

بالاخره، پس از چهار ساعت جنگ و رویارویی، آزادیخواهان شکست خورده و صداهای رعدآسای توپ‌ها و شلیک تفنگ‌ها خاموش گردید. سربازان سیلاخوری و دسته‌های اوباش، مجلس و خانه‌های بانو عظمی و خانه ظل‌السلطان و انجمن آذربایجان و انجمن مظفری را وحشیانه غارت کردند و حتی در و پنجره‌ها را نیز کنده و با خود بردند. ملک‌المتکلمین و صوراسرافیل و میرزاجمال‌الدین واعظ، دستگیر و ملک‌المتکلمین و میرزاجهانگیرخان صوراسرافیل در روز بعد اعدام گردیدند.

ناظم‌الاسلام کرمانی می‌نویسد: «جهانگیرخان را که روز دویم این واقعه طناب انداخته بودند، در وقت کشتن گفته بود زنده باد مشروطه و اشاره کرده بود به زمین و گفته بود ای خاک! ما برای حفظ تو کشته شدیم... ملک‌المتکلمین را هم که طناب انداخته بودند، گفته بود: اگر مرا زنده بگذارید، نفع من به دولت و ملت می‌رسد... [من] با نهایت افتخار و شرف و در کمال سعادت در راه وطن می‌میرم و از اعمال خود ندامت ندارم.»سیدجمال واعظ نیز که فرار کرده بود، دوباره دستگیر و اعدام گردید. سلطان‌العلما، سردبیر روح‌القدس هم پس از شکنجه‌های بسیار کشته شد و بهبهانی و طباطبایی هم پس از دستگیری و کتک‌های فراوان و هتک‌حرمت‌های بسیار، تبعید شدند. مساوات نیز با لباس مبدل موفق به فرار گردید و تقی‌زاده و چندین نماینده دیگر، از جمله حاج‌حسین‌آقا امین‌الضرب نایب‌رییس سابق مجلس هم به سفارت انگلستان پناهنده شدند.

دهخدا نیز به سفارت انگلستان متحصن شده و سپس به اروپا رفت. وی در سوئیس سه شماره آخر صوراسرافیل را منتشر و بر مرگ میرزاجهانگیرخان مویه‌ها کرد و سلطنت محمدعلی‌شاه را محکوم نمود. ممتازالدوله رییس سابق مجلس هم به سفارت فرانسه و صنیع‌الدوله و اقوامش نیز به سفارت ایتالیا پناهنده گردیدند.

در ۵ تیر ۱۲۸۷ (۱۳ ژوئن) شاه فرمانی صادر کرد و طی آن همه مردم تهران را به استثنای انقلابیون دستگیر شده، مورد عفو قرار داد و از همه رعایای صدیق خود دعوت کرد که بدون هیچ ترسی به سر کارهای متوقف شده خویش بازگردند. شاهزاده مویدالدوله به فرمانداری تهران منصوب شد و بازارها که یک هفته تمام بسته شده بود، باز گردید و شهر حالت قبلی خود را به دست آورد.

محمدعلی شاه که در ۳ تیر فرمان انحلال مجلس را صادر کرده بود، انتخابات جدید مجلس ملی و مجلس سنا که می‌باید همزمان فعالیت خود را شروع می‌کردند، برای سه ماه بعد تعیین کرد و به وزیر داخله دستور داد این مطلب را به اطلاع کلیه فرمانداران برساند. این فرمان شاه، انتشار یافته و در اختیار نمایندگی‌های خارجی نیز قرار گرفت. طی تلگرامی که مستر مارلینگ به سر ادوارد گری در ۲۶ ژوئن از تهران ارسال کرد، وقایع این‌گونه مطرح شد: «رییس مجلس و یک وکیل دیگر که دستگیر نشده‌اند، به سفارت فرانسه متحصن گردیده‌اند.

وزیر مالیه و خانواده او به سفارت ایتالیا متحصن شده‌اند. سیدعبدالله و سیدمحمد، تبعید خواهند شد؛ ولی محل بردن آنها معلوم نیست. هر چند که شهر خاموش است، ولی اضطراب عمومی باقی است و قشون مشغول تجسس اسلحه و بمب است. از قراری که می‌گویند، در اردوی شاه شصت و چهار نفر محبوس هستند. در تبریز جنگ مداومت دارد، ولی در سایر ایالات خاموشی باقی است.

کلنل لیاخوف به حکومت شهر منصوب گردید و از قرار معلوم دارای اقتدارات زیادی است. شاه اعلانی مشعر به انحلال مجلس صادر نموده. اعلان مذکور اشعار می‌دارد که انتخابات جدید در سه ماه دیگر به عمل خواهد آمد و مجلس سنایی هم تشکیل داده خواهد شد.»

پس از این ماجراها، شاه به برقراری نظم در پایتخت و ولایات پرداخت و پس از آنکه مؤیدالدوله را فرماندار تهران و لیاخوف را ریاست کل قشون داد، اعلامیه‌هایی هم به فرمان او بر در و دیوار شهر چسباندند که طی آن وظایف مردم نسبت به حالت حکومت نظامی مشخص می‌شد. کلیه چاپخانه‌ها و دفاتر روزنامه‌ها بسته شدند.

ضبط اسلحه با شدت جریان یافت و دولت، اموالی را که از خانه‌های ظل‌السلطان و ظهیرالدوله غارت شده بود، ضبط و خریداری کرد تا به صاحبان خسارت دیده‌اش برگرداند.مشیرالدوله وزیر داخله، عنوان صدراعظم یافت و بدین ترتیب بار دیگر استبداد به جای مشروطیت نشست که این دوره تقریبا یک ساله، بعدها با نام «استبداد صغیر» شهرت یافت.

اگر چه محمدعلی‌شاه با تعطیلی مجلس در ظاهر توانست به هدف خود دست یابد، اما از آنجا که مردم ایران تا حدودی با نظام مشروطیت آشنا شده بودند دیگر نمی‌توانستند مجددا زیر بار استبداد مطلق پادشاهی بروند. به همین خاطر ساکت ننشسته و پس از مدتی نخستین بار از ناحیه مردم تبریز و سپس دیگر شهرها، آماده جنگ با محمدعلی‌شاه شدند و سرانجام قوای ضددولتی به فرماندهی سرداراسعد بختیاری و سپهدار تنکابنی توانستند نیروهای دولتی را شکست داده و تهران را به تصرف درآورند. (۲۴ جمادی‌الثانی ۱۳۲۷ هـ.ق)

در این زمان محمدعلی‌شاه پس از سه روز مقاومت، برای اینکه به چنگ آزادیخواهان نیفتد مجبور شد به سفارت روس پناهنده گردد. وی با حمایت روس و انگلیس در سفارت مذکور به مدت ۵۷ روز پناهنده شد و سپس با همکاری این دو دولت از ایران خارج گردید و در شهر ادسای روسیه اقامت گزید.