معافیت‌های مالیاتی در فصل دوم قانون پیشنهادی عنوان شده است. این معافیت‌ها شامل ۱۰ نوع کالا از جمله محصولات کشاورزی فرآوری نشده، آرد، گندم، نان، شیر، ماست، پنیر، شیرخشک مخصوص تغذیه کودکان و انواع داروهای درمانی و ۸ نوع خدمات از جمله خدمات درمانی، حمل‌ونقل عمومی، خدمات آموزشی و پژوهشی و ... است.

طبق تبصره ۳ ماده ۱۹ قانون پیشنهادی، مالیات ارزش افزوده پرداخت شده بابت خریدکالا و خدمات فعالیت‌های معاف قابل تهاتر یا استرداد نیست. ضمنا طبق تبصره ۵، این‌گونه مالیات‌های غیرقابل استرداد، در فهرست هزینه‌های قابل قبول موضوع قانون مالیات‌های مستقیم محسوب می‌شود.

این مواد عینا در قانون مالیات ارزش افزوده مصوب سال ۱۳۸۶ نیز آمده است.

در کشورهایی که قانون مالیات ارزش افزوده اجرا شده، سعی بر این بوده است که این مالیات به مصرف‌کنندگان برخی کالاها و خدمات اساسی از جمله دارو، لبنیات، شیرخشک کودکان و ... منتقل نشود.

معافیت مالیاتی موضوع مالیات ارزش افزوده تشویق نیست بلکه نوعی تنبیه است. به‌عنوان مثال یک شرکت تولید دارو، مالیات ارزش افزوده را در صورتحساب‌های خود درج نمی‌کند، اما مالیات ارزش افزوده پرداخت شده بابت کالای خریداری و خدمات دریافتی را نمی‌تواند مسترد کند، این مالیات‌ها در محاسبه بهای فروش دارو جزو بهای تمام شده کالا منظور شده و مبالغ پرداختی بابت مالیات ارزش افزوده با افزایش قیمت فروش عملا به مصرف‌کننده منتقل می‌شود.

در واقع مالیات ارزش افزوده بر این نوع کالا و خدمات باید مشمول مالیات با نـرخ صفر باشد. در این روش نرخ مالـیات مندرج در صورتحساب فـروش کالا صـفر درصـد درج می‌شود و مالیاتی از مصرف‌کننده دریافت نمی‌شود، اما کلیه مالیات‌های ارزش افزوده پرداختی بابت خرید کالا و خدمات قابل استرداد خواهد بود.

بنده و برخی دوستان این اشتباه در تدوین قانون فعلی را بارها تذکر دادیم، اما نه تنها قانون اصلاح نشده بلکه این اشتباه در قانون پیشنهادی نیز تکرار شده است. با توجه به اینکه قانون جدید مراحل تصویب در مجلس شورای اسلامی را طی می‌‌کند، انتظار می‌رود قانون اصلاح شده و شرکت‌هایی که مشمول معافیت مالیاتی شده‌اند، مالیات را بر اساس نرخ صفر محاسبه کنند تا هزینه مالیات ارزش افزوده بابت خرید کالا و خدمات ضروری به مصرف‌کننده منتقل نشود.