شکایت از بورس کالای کشاورزی در مقطعی صورت گرفته که بورس فلزات و بورس کشاورزی به هم ارتباطی نداشتند حتی بعد از تشکیل شرکت بورس کالای ایران و ادغام بورس‌های کالایی فعالیت بورس فلزات مستقل است و سهامداران مستقلی هم دارند و فعالیت آنها و مشکلات آنها ارتباطی به هم ندارند.