همچنین صندوق مدعی است دولت بابت برداشت‌های سال‌های گذشته بیش از ۱۰ هزار میلیارد ریال بدهی دارد. در این نامه آمده است: به‌رغم نامه شماره ۷۰۰۰۰/ ۲۱ مورخ ۹۸/ ۱۰/ ۲۹ دادستان محترم دیوان محاسبات کشور، عنوان رئیس کل محترم سازمان امور مالیاتی کشور با موضوع توقف اقدامات اجرایی درخصوص وصول مالیات سنوات سال‌های ۹۴ لغایت ۹۶ صندوق و جلسات و پیگیری‌های مکرر دیوان محاسبات کشور و صندوق توسعه ملی و با وجود اینکه سازمان امور مالیاتی بابت مازاد مالیات دریافت سود و زیان ناشی از تسعیر دارایی‌های صندوق (موضوع ماده ۳۶ قانون رفع موانع تولید رقابت‌پذیر و ارتقای نظام مالی کشور و قانون استفساریه ماده قانونی مذکور) دارای بیش از ۱۰ هزار میلیارد ریال بدهی به صندوق توسعه ملی است. طی نامه شماره ۷۳۰۳/ ۲۰۱۱/ ۲۵۱ مورخ ۱۳۹۸/ ۱۲/ ۲۰ سازمان مذکور بیش از ۱۰ هزار میلیارد ریال از حساب‌های ریالی صندوق نزد بانک مرکزی برداشت نموده است. این اقدام ضمن اینکه بر خلاف قوانین و مقررات مربوطه و نظر دادستان محترم دیوان محاسبات کشور بوده است، بدون توجه به رای هیات ویژه موضوع ماده ۲۵۱ مکرر قانون مالیات‌های مستقیم (ابلاغی طی نامه شماره ۲۸۸۴۸۹ مورخ ۱۳۹۶/ ۱۲/ ۱۶ مبنی بر رفع تعرض از مالیات عملکرد سال‌های ۱۳۹۱ و ۱۳۹۲ صندوق توسعه ملی و دستورالعمل وزارت امور اقتصادی و دارایی ابلاغی طی بخشنامه شماره ۲۰۰/ ۹۶/ ۹۸ ب مورخ ۱۰/ ۷/ ۱۳۹۶سازمان امور مالیاتی که آرای صادره از سوی هیات ویژه ۲۵۱ مکرر و دیوان عدالت اداری در موضوعات مشابه و قابل تسری به سایر سال‌های مالی دانسته است و صورت پذیرفته است. شایان ذکر است تاکنون در هیچ‌یک از مراجع قضایی رایی درخصوص پرداخت مالیات علیه صندوق توسعه ملی صادر نشده است. بنابر مراتب فوق و با عنایت به اینکه اقدام سازمان امور مالیاتی موجب اخلال یا عدم امکان اجرای تکالیف قانونی مقرر و امور جاری صندوق توسعه ملی (به‌عنوان سال پرداخت چهار هزار میلیارد ریال تسهیلات به شرکت‌های دانش‌بنیان در راستای مبارزه با شیوع ویروس کرونا) شده، خواهشمند است دستورات لازم را در این خصوص صادر فرمایید.