سیر تحول و پیشرفت طرح حاکی از آن است که بخش مربوط به ذخیره‌سازی اطلاعات بیمارستانی در سال ۱۳۹۲ راه‌اندازی شد. هر چند وزارت بهداشت در سال ۹۶ از نهایی شدن این طرح و دستور راه‌‌‌اندازی آن به دانشگاه‌‌‌های علوم پزشکی کشور خبر داد .  اما به علت ناهماهنگی در سطح کلان، سازمان‌های بیمه‌‌‌گر اصلی کشور در حال گسترش استقرار طرح‌‌‌های خود در گستره ملی بودند.  مشخصا، وزیر بهداشت وقت در سال ۹۸ از آغاز به کار طرح نسخه الکترونیک به عنوان یکی از زیرسامانه‌‌‌های پرونده نظام سلامت الکترونیک خبر داده بود که به گفته کارشناسان در آن زمان هم، هشدارهایی مبنی بر آماده نبودن زیرساخت‌‌‌ها داده بودند.

به اعتقاد یکی از نویسندگان این پرونده، «می‌توان چنین استدلال کرد که نبود یک نقشه جامع مورد توافق بازیگران اصلی مشتمل بر جوانب گوناگونی مانند اهداف مشخص، نقش و وظایف هر کدام از بازیگران، جنبه‌‌‌های فرهنگی و آموزش ذی‌نفعان مختلف از جمله چالش‌های بنیادین کلان پروژه سلامت الکترونیک کشور است.»

در عین حال برخی دیگر از کارشناسان، بر این باورند، تمهیدات بهینه در زمینه‌‌ میزان و سطح دسترسی کاربران مختلف به داده‌‌‌های انباشت شده در اجرای این طرح، می‌تواند گامی موثر و بزرگ در جهت رفع عدم‌تقارن اطلاعاتی موجود در بازار سلامت باشد که سطح کارآیی را در بازار سلامت بهبود خواهد بخشید.  با این حال طرح نظام سلامت الکترونیک، در جوامع مختلف بین‌المللی اجرایی شده است. بر اساس تجارب کشورهای پیشرو در زمینه سلامت الکترونیک و رویدادهای یک دهه گذشته کشور، یکی از نخستین گام‌‌‌ها برای بهبود وضعیت فعلی، تعیین یک نهاد متولی با اختیارات و همچنین منابع کافی برای کلان پروژه سلامت الکترونیک است. «دنیای‌اقتصاد» در این پرونده به نقاط ضعف و قوت طرح نظام سلامت الکترونیک پرداخته است.