هیات وزیران بنا به پیشنهاد وزارت بازرگانی و به استناد ماده (۱۲) قانون ساماندهی مبادلات مرزی، مصوب ۱۳۸۴، آیین‌نامه اجرایی قانون ساماندهی مبادلات مرزی را تصویب کرد. در ماده یک ‌آیین‌نامه اجرایی قانون ساماندهی مبادلات مرزی آمده است: کلیه اهالی ساکن در مناطق مرزی کشور به استثنای اهالی ساکن در شهرهای مرکز شهرستان‌ها با دریافت کارت مبادلات مرزی مشمول تسهیلات مبادلات مرزی خواهند بود.

نقاط یا اعماق مرزی کشور که به فاصله حداکثر سی کیلومتر از نقطه صفر مرزی قراردارد، توسط وزارتخانه‌های کشور و بازرگانی تعیین می‌شود. مناطقی که در نقطه مرزی کنار ساحل قرار دارند تا عمق حداکثر سی کیلومتری از ساحل مشمول تسهیلات مبادلات مرزی هستند. بنابراین گزارش، کارت مبادلات مرزی توسط سازمان بازرگانی استان برای سرپرست خانوار صادر می‌شود. کارت مبادلات مرزی در ماه‌های دی و بهمن هر سال صادر و هر سه سال یک بار تمدید می‌شود.

دارندگان کارت مبـادلات مـرزی می‌تواننـد به صورت مستقل اقدام به ‌مبادله مرزی نمایند و یا با رعایت تبصره (۲) ماده (۷) قانون ساماندهی مبادلات مرزی ـ مصوب ۱۳۸۴ ـ کارت خود را به یکی از شرکت‌های تعاونی مرزنشین محل سکونت خود که در آن عضویت دارند، واگذار نمایند. شرکت‌های تعاونی پس از دریافت کارت مطابق با تعداد کارت‌های صادر شده و اعضای آنها، کارت‌ها را مهر نموده و فهرست آن را به تایید سازمان بازرگانی استان می‌رسانند.

تعداد اعضای یک خانوار مرزنشین با سرپرست، حداکثر پنج نفر است. از سوی دیگر سقف مبادلات مرزی هر منطقه مرزی (استان) از سه درصد موضوع ماده (۶) قانون ساماندهی مبادلات مرزی که به ماخذ سال قبل طبق آمار گمرک جمهوری اسلامی ایران اعلام می‌شود، توسط وزارت بازرگانی تعیین می‌شود.

میزان سهمیه مرزنشینان، بازارچه‌های مرزی، ملوانان، خدمه و کارکنان شناورهای دارای حداکثر پانصد تن ظرفیت هر منطقه (استان) توسط کار گروه موضوع ماده (۱۲) قانون یاد شده تعیین و اعلام می‌شود. همچنین توزیع سهمیه وارداتی استان برای مرزنشینان، بازارچه‌های مرزی، پیله‌وران، ملوانان، خدمه و کارکنان شناورهای دارای حداکثر پانصد تن ظرفیت، توسط شورای ساماندهی مبادلات مرزی استان صورت خواهد گرفت.

توزیع سهمیه وارداتی مرزنشینان مطابق با تعداد اعضای هر خانوار یا تعاونی مربوط، صورت می‌گیرد. برای مناطق محروم مرزی دو برابر سهمیه نسبت به سایر مناطق لحاظ خواهد شد. فهرست مناطق محروم توسط سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور اعلام خواهد شد. وزارت بازرگانی فهرست، نوع، مقدار و میزان معافیت حقوق ورودی کالاهای قابل ورود توسط مرزنشینان و شرکت‌های تعاونی آنها را به صورت منطقه‌ای تعیین و پس از تایید کارگروه موضوع ماده (۱۲) قانون مزبور برای تصویب به هیات‌ وزیران ارسال می‌نماید.

فهرست موضـوع تصویبنامـه شمـاره ۷۱۷۰۴/ ت ۲۰۵۲۵ ک مورخ ۱۱/۱۲/۱۳۷۷ و اصلاحیه‌های بعدی آن، تا تایید کارگروه یادشده لازم‌الاجرا است.

تخفیف در حقوق ورودی ارزاق عمومی از سی درصـد تا صددرصد و برای سایر کالاها تا پنجاه درصد (۵۰درصد) متناسب با درجه محرومیت منطقه خواهد بود.

خرید و فروش کالاهای وارد شده توسط مرزنشینان و شرکت‌های تعاونی آنها در استان‌های مرزی به صورت خرده فروشی در همان استان مرزی مجاز بوده ولی خروج کالاهای مذکور از استان مرزی به سایر نقاط کشور به صورت تجمیعی و تجاری با حذف معافیت‌ها و پرداخت مابه‌التفاوت حقوق ورودی و تاییدیه گمرک جمهوری اسلامی ایران و اخذ موافقت شورای ساماندهی مبادلات مرزی استان مجاز است.

صادرات و واردات توسط مرزنشینان و شرکت‌های تعاونی‌های آنها فقط در حوزه گمرکات بازارچه‌های مرزی و یا گمرک‌ همان استان صورت می‌گیرد. در مواردی که مبادله در بازارچه‌های مرزی امکان‌پذیر نباشد، شورای ساماندهی مبادلات مرزی می‌تواند نزدیک‌ترین گمرک را به عنوان محل مبادله انتخاب و اعلام نماید. در این صورت با استفاده از رویه ترانزیت داخلی، کالا در گمرک همان استان ترخیص می‌شود. کنترل سقف مبادلات توسط مرزنشینان و شرکت‌های تعاونی آنها بر عهده گمرک بوده و مهلت واردات کالا توسط مرزنشینان از زمان صادرات یک سال است.

ارزش کل کالاهای قابل مبادله در مناطق مرزی برای کل کشور، هر ساله معادل سه درصد کل واردات کشور به ماخذ سال قبل تعیین می‌شود که باید در مقابل سه درصد صادرات کالاهای غیرنفتی به ماخذ سال قبل انجام شود.

بازارچه مرزی محوطه‌ای است محصور واقع در نقاط مرزی و در جوار گمرکات یا مکان‌هایی که طبق تفاهمنامه‌های منعقد شده بین جمهوری اسلامی ایران و کشورهای همجوار و یا به صورت مستقل و مطابق با ضوابط تعیین شده از سوی دولت تاسیس شده است و مجاز به انجام تشریفات ترخیص کالا است. مبادلات در بازارچه‌های مرزی پس از استقرار ماموران وزارت بازرگانی، گمرک ایران و نیروی انتظامی و با اعمال مقررات مربوط به صادرات و واردات کالا مجاز خواهدبود.

ترخیص کلیه کالاهای واردشده با استفاده از تسهیلات بازارچه‌های مرزی در گمرک بازارچه مرزی استان و یا گمرک همان استان امکان‌پذیر است. ارایه پیشنهاد جهت تاسیس بازارچه مرزی جدید از سوی شورای ساماندهی مبادلات مرزی منوط به داشتن توجیه اقتصادی، تامین پرسنل و هزینه‌های مربوط به ایجاد تاسیسات مورد نیاز واحدهای اجرایی مستقر در بازارچه و اخذ موافقت کشور مقابل در ایجاد تاسیسات و فعالیت‌های متقابل با رعایت ماده (۱۱) قانون مقررات صادرات و واردات ـ مصوب ۱۳۷۲ـ است. ایجاد تاسیسات اداری و زیربنایی و تاسیسات مورد نیاز واحدهای اجرایی مستقر در بازارچه و سایر سرمایه‌گذاری‌ها در بخش ایرانی بازارچه‌های مرزی و تامین کارمندان اجرایی بازارچه و هزینه‌های اداره آن برعهده استانداری مربوط است، ولی از نظر احداث مکان بازارچه در نقطه مرزی و چگونگی حفظ انتظامات و کنترل تردد و افراد باید با وزارت کشور هماهنگی به عمل آید. سازمان مدیریت و برنامه‌‌ریزی کشور موظف است اعتبارات مورد نیاز جهت اجرایی شدن این تبصره را در لوایح بودجه سالانه پیش‌بینی نماید. استقرار گمرک ایران پس از ایجاد تاسیسات گمرکی و نیازهای اداری در ورود و خروج بازارچه ضروری است و اعمال مقررات صادرات و واردات و نظارت بر رعایت آن در بازارچه برعهده گمرک جمهوری اسلامی ایران است. عزل و نصب مدیر بازارچه مرزی با هماهنگی و تایید استاندار ذی‌ربط و با حکم رییس کل گمرک ایران خواهد بود.

ورود و ترخیص کالا در سقف تعیین شده در بازارچه‌های مرزی توسط مرزنشینان و شرکت‌های تعاونی آنها، پیله‌وران، ملوانان، خدمه و کارکنان شناورهای دارای حداکثر پانصد تن ظرفیت با ارائه فاکتور فروش غرفه‌های بازارچه‌های مرزی کشور طرف معامله و یا مدارک مثبته کشور مقابل امکان‌پذیر بوده و نیاز به ارائه سایر مدارک از قبیل پیش برگ (پروفرما) و حسب مورد بارنامه حمل نیست.