در سال ۱۳۸۸ بیش از ۶ میلیون و ۲۱۷ هزار تن کالا به ارزش ۵ میلیارد و ۲۰۲ میلیون دلار از طریق مناطق آزاد به داخل کشور وارد شده که این ارقام نسبت به سال۸۷ از لحاظ وزنی ۸۳/۲۸ درصد و از حیث ارزشی ۳۳/۸ درصد افزایش نشان می‌دهد. به گفته مدیرکل دفتر آمار و فناوری اطلاعات و ارتباطات گمرک ایران، از میان کالاهای منتخب وارداتی به این مناطق در سال ۸۸، لوازم یدکی خودرو، خودرو، سیگار، پوشاک و برنج به‌ترتیب بیشترین سهم ارزشی را دربرگرفته و بیش از نیمی از کل ارزش کالاهای وارداتی به مناطق آزاد متعلق به منطقه آزاد انزلی بوده است. در رده‌های بعد مناطق آزاد خرمشهر و چابهار قرار دارند. در این گزارش به میزان صادرات از مناطق آزاد اشاره نشده است هرچند که آمار غیررسمی حاکی از ده برابر بودن ارزش واردات در برابر صادرات از این مناطق آزاد است. گفته می‌شود یکی از عمده‌ترین دلایلی که موجب تحقیق و تفحص مجدد مجلس شورای اسلامی از مناطق آزاد شده، رویگردانی آنها از صادرات و گرایش روزافزون به واردات کالا است.