اجرای محاسبه ارزش کالای وارداتی بر اساس نرخ ارز اعلام‌شده بانک‌مرکزی نرخ سامانه مبادله الکترونیکی از ۲ خرداد سال‌جاری در سامانه‌‌‌‌‌‌‌های گمرک صورت گرفت و واردکنندگانی که از ابتدای سال ‌و قبل از این تاریخ، کالاهای وارداتی خود را اظهار کرده‌‌‌‌‌‌‌اند، بر اساس نرخ ارز ۴۲۰۰‌تومانی، مالیات ارزش‌افزوده کالای وارداتی خود را پرداختند و برای پرداخت مابه‌التفاوت محاسبه مالیات ارزش‌افزوده با نرخ ارز ای.‌تی.‌اس (ETS) و نرخ ۴۲۰۰‌تومانی، تعهدنامه ارائه کردند. این درحالی است که در هفته‌های اخیر تعدادی از فعالان اقتصادی اعلام کردند که گمرک، مطالبه‌نامه‌‌‌‌‌‌‌های کسر دریافتی بابت مابه‌‌‌‌‌‌‌التفاوت نرخ ارز ۴۲۰۰‌تومانی و ETS برای کالاهایی که در دو ماه اول سال‌جاری اظهار شده‌اند را صادر کرده‌است، درحالی‌که شرکت‌ها بر اساس قیمت تمام‌شده کالای وارداتی، قیمت فروش خود را با توجه به بازارهای رقابتی تعیین و کالا را به مشتریان تحویل و ضمن دریافت قطعی مبالغ فروش در گزارش‌های ماهیانه و فصلی به سازمان‌های ذی‌ربط از جمله سازمان مالیاتی نیز این مبالغ را اعلام و حتی مالیات ارزش‌افزوده فصلی را هم پرداخت کرده‌‌‌‌‌‌‌اند؛ در واقع می‌توان گفت که برخی از کالاهای وارداتی در دو ماه ابتدایی سال‌که با همان محاسبه نرخ ارز ‌ترجیحی اقدام به پرداخت مالیات ارزش‌افزوده خود کرده‌‌‌‌‌‌‌اند، پس از طی مراحل تولید و توزیع به‌فروش رسیده و مالیات ارزش‌افزوده آن نیز بر اساس پرداخت‌‌‌‌‌‌‌های فصلی به سازمان امور مالیاتی ارائه شده‌است، بنابراین مطالبه‌نامه‌‌‌‌‌‌‌های صادره از سوی گمرک برای کسر دریافتی که به استناد بند‌ب ماده‌۳ و ماده‌۱۳۵ قانون امور گمرکی و ماده۶ و تبصره‌۲ ماده‌۱۷ قانون مالیات ارزش‌افزوده، گمرک مسوول دریافت آن است، بر اساس بند‌ب تبصره‌۲ ماده‌۵ قانون مالیات ارزش‌افزوده، مالیات مضاعف تلقی می‌شود. بر این اساس درخواست بخش‌خصوصی این است که گمرک ایران در صدور این مطالبه‌نامه‌‌‌‌‌‌‌ها یا در صورت صدور، با درخواست متقاضی نسبت به حذف مبلغ مازاد مالیات ارزش‌افزوده از میزان مطالبه، نسبت به مودیان خوش‌حساب و همچنین نسبت به سایر مودیان با ارائه تاییدیه حوزه مالیاتی مبنی‌بر تسویه مالیات ارزش‌افزوده دو فصل بهار و تابستان اقدام کند. این موضوع که توسط شورای گفت‌‌‌‌‌‌‌وگوی استان قزوین مطرح و بررسی شده‌است، پیش از این نیز در جلسه‌‌‌‌‌‌‌ای با وزیر اقتصاد مطرح‌شده و درخواست ایشان نیز بررسی و حل آن بود.