گمرک ایران ضمن تکذیب توقف صادرات کالاهای ایرانی به افغانستان اعلام کرده است که محدودیت‌های ایجاد شده صرفا مربوط به یکی از مرزها است. براساس نامه موجود صادرات ۴ قلم کالای ایرانی (شامل مواد سوختی، فولاد، سیمان و کاشی) در گمرک افغانستان پذیرش نمی‌شود و صادرکنندگان می‌توانند از طریق مرزهای جایگزین از جمله گمرک «دوغارون» و «میلک» این کالاها را به افغانستان صادر کنند. همچنین مظفر علیخانی، دبیرکل مشترک اتاق ایران و افغانستان نیز همین موضوع را در گفت‌وگو با «ایرنا» تایید کرده است. به گفته وی، واردات مواد نفتی، سیمان و آهن ایران به افغانستان فقط از مرز «فراه» ممنوع شده و واردات این اقلام از طریق سایر مرزها مثل دوغارون و نیمروز همچنان ادامه دارد. علیخانی تصریح کرد که این محدودیت‌ها ارتباطی با تحریم‌های آمریکا ندارد و فقط به‌دلیل مشکلات گمرکی است.

دبیر کل اتاق بازرگانی مشترک ایران و افغانستان افزود: برخلاف سایر گمرکات ایران و افغانستان که به‌صورت سامانه‌ای و سیستمی به هم وصل هستند و اطلاعات محموله‌های صادراتی کشورمان به‌صورت برخط (آنلاین) روی گمرک افغانستان می‌نشیند، در گمرک فراه این ارتباط وجود ندارد. وی افزود: به دلیل اینکه سیستم گمرک ایران و افغانستان در این مرز به هم وصل نیست، برخی از تاجران افغان در اظهار کالاهای وارداتی به این گمرک از نظر ارزشی و وزنی کم‌اظهاری می‌کنند تا حقوق گمرکی کمتری بپردازند. در همین رابطه سخنگوی والی ولایت فراه افغانستان به خبرگزاری فارس گفته است که به دستور رئیس‌جمهور افغانستان، ورود کالاهایی مانند سیمان، آهن‌آلات، کاشی و سرامیک به فراه از ایران، تا پایان سال‌جاری ممنوع شده است. به گفته وی، علت اصلی صدور این دستور از سوی رئیس‌جمهور، وجود فساد گسترده در گمرک فراه، فرار مالیاتی از سوی واردکنندگان، قاچاق و فعالیت مافیا و ورود غیرقانونی کالا بوده است. سخنگوی والی فراه این اقدام را باعث کاهش فساد گسترده در گمرک فراه دانست و گفت: با این وجود بعد از ابلاغ این قانون از سوی ریاست جمهوری، مشکلات بسیاری برای بازرگانان به وجود آمده است. همچنین این دستور باعث افزایش قیمت کالا در فراه شده و ساخت‌وساز ساختمان در این ولایت متوقف شده است. سخنگوی والی فراه ادامه داد: با اعتراض بازرگانان گزارشی از مشکلات پیش‌آمده به دولت مرکزی ارائه شده است و منتظر تصمیم در این مورد هستیم.