این شورا متشکل از پنج فقیه (مجتهد متجزی در حوزه فقه معاملات و صاحب‌نظر در مسائل پولی و بانکی)، رئیس کل (یا معاون نظارتی) بانک مرکزی، یک نفر حقوقدان آشنا به مسائل پولی و بانکی و یک اقتصاددان (هر دو با معرفی رئیس کل بانک مرکزی)، یک نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی با اولویت آشنایی با بانکداری اسلامی به انتخاب مجلس شورای اسلامی (به عنوان عضو ناظر) و یکی از مدیران عامل بانک‌های دولتی به انتخاب وزیر امور اقتصادی و دارایی است.  مصوبات شورای فقهی لازم‌‌‌الرعایه بوده و رئیس کل بانک مرکزی اجرای مصوبات شورا را پیگیری و بر حسن‌اجرای آنها نظارت می‌کند. در حال حاضر ریاست شورای فقهی بانک مرکزی بر عهده آیت‌الله دکتر غلامرضا مصباحی‌‌‌مقدم است.  همچنین بنا به اعلام رئیس کل بانک مرکزی اخیرا اصلاحاتی روی «دستورالعمل فعالیت شورای فقهی بانک مرکزی» انجام شده و در کنار شورای اصلی، «کارگروه تخصصی فقهی» با حضور برخی صاحب‌‌‌نظران حوزوی در زمینه اقتصاد و بانکداری، در شهر قم نیز تشکیل شده است تا به این واسطه موضوعاتی که به شورای فقهی ارجاع می‌شود، پیش از طرح در شورا در کارگروه مربوطه ارزیابی کارشناسی شود.