اخبار رسیده از هرات چنان ناگوار بود که شاه برای کم‌کردن از شدت اندوه و نگرانی اطرافیانش دستور داد «که هر مکتوب از جانب خراسان آید، هیچ‌کس نگشاید و مطالعه نفرماید تا سبب تفرق خاطر نشود و همچنان سربه‌مهر به معتمدان سپارند» (زمچی اسفزاری، ۱۳۳۸: ۲۶۲). تعداد مردمی که در این همه‌گیری از بین رفتند، چنان زیاد بود که پس از حمله مغولان و کشتار آنها در شهر هرات، سابقه نداشت. شدت این طاعون بار دیگر طبع مورخان و گزارشگران ایرانی را که در چنین مواردی راه اغراق و زیاده‌گویی در پیش می‌گیرند، چنان تحریک‌ کرد که اعداد و ارقام باورنکردنی را برای تلف‌شدگان ذکر کردند. اسفزاری از قول پدرش تعداد کشته‌شدگان شهر هرات را نزدیک به ششصد هزار نفر و تعداد اموات اطراف شهر را چهارصد هزار نفر ذکر می‌کند و این تعداد را به غیر از کسانی می‌داند که در خانه‌ها دفن یا در مغاک‌ها انداخته شده‌اند. او به عنوان گواه، قصیده سروده شده توسط پدرش را ذکر می‌کند:

ششصد هزار در قلم آمد که رفته‌اند

ز آن‌ها که یافت گور و کفن مردم خیار(برگزیده)

باقی ز بی‌کسی همه در خانه مانده‌اند

خوردند چشمشان همه در خانه مور و مار

(همان: ۲۶۳)

در کتاب خلد برین، حبیب‌السیر و نوشته‌های خواندمیر هم گزارش‌هایی تقریبا با همین مضمون ذکر شده است.

در این منابع، نام برخی از بزرگانی هم که در اثر این بیماری از بین رفتند، آمده است. کانون اصلی این بیماری شهر هرات بود و به‌نظر می‌رسد با خارج شدن مردم از شهر هرات، این بیماری در بلوکات (شهرستان‌ها) نیز رواج یافته است و به این ترتیب بیش از چهار ماه یا طبق گزارش‌های دیگران، بیش از پنج ماه، به طول انجامید (سمرقندی، ۱۳۵۳: ۳۱۱).

پس از آن، بیماری آهسته آهسته به بقیه خطه شمال هم سرایت کرد و موجب مرگ‌ومیر و تلفات فراوان شد. روملو در این‌باره می‌نویسد:

در این سال ۸۳۸ ه. ق (۱۴۳۵م)،در استرآباد، شام و روم بیماری افتاد و مولانا کاتبی در بلاد استرآباد به مرض طاعون مبتلا گشته، بر بستر ناتوانی افتاد و در بستر مرگ این قطعه نظم کرده و زبان به بیان آن بگشاد:

ز آتش قهر وبا گردید ناگاهان خراب

استرآبادی که خاکش بود خوشبوتر ز مشک

اندرو از پیر و برنا هیچ‌کس باقی نماند

آتش اندر بیشه چون افتد نه تر ماند و نه خشک

(روملو، ۱۳۵۷: ۲۱۸).

البته امیر دولتشاه سمرقندی، صاحب تذکره‌الشعرا، وقوع طاعون را در سال ۸۴۰ ه. ق (۱۴۳۷م) گزارش می‌کند و مرگ مولانا کاتبی را نیز در این سال می‌داند (سمرقندی، ۱۳۵۳: ۴۳۵).

خواجه عبدالقادر مصنف (روملو، ۱۳۵۷: ۲۱۹)، شیخ زین‌الدین ابوبکر خوافی، قاضی صدرالدین محمدامامی، مولانا ضیاالدین نورالله‌خوارزمی، مولانا شمس‌الدین‌محمد اوحدی و شیخ ابوسعیدبن شمس‌الدین از مشاهیر دیگری هستند که بر اثر طاعون هرات بدرود حیات گفته‌اند (سمرقندی، ۱۳۵۳: ۴۵۴).

هشتمین گزارش از بروز بیماری طاعون مربوط به سال ۸۶۷ ه.ق (۱۴۶۴ م) در شهرهای سمرقند و هرات است که عده زیادی را به خاک گور فرو برد (سمرقندی، ۱۳۵۳: ۴۳۵).

نویسنده کتاب روضات‌الجنات هم ذکر این بیماری را به تفصیل آورده و ذیل عنوان «ذکر واقعه طاعون در هرات به تقدیر حضرت خالق موت و حیات» نوشته است:

در احکام سنه مذکوره، ارباب نجوم که مستخرجان آثار تنجیم (حرکت ستارگان و ساعات روز و شب)‌ و مسطنبتان (استنباط کنندگان) ارقام تقویم‌اند، اکثری از دلایل اتصالات اجرام علوی (از اصطلاحات ستاره شناسی)‌حکم کرده بودند که در اطراف ممالک، مرض مهلک طاعون طغیان خواهد کرد. خصوصا در بلده هرات و هنوز آفتاب در اوایل حَمَل (فروردین)‌بود که این حادثه خانه‌ برانداز ظهور کرد و مردم در اضطرار از خوف هلاک جلای وطن اختیار کردند و نورالدین سلطان‌محمد میرزا که در هرات قائم‌مقام سلطان سعید بود، به اتفاق قاضی و موالی و وزرا به جانب بادغیس رفتند و به ییلاق کوه گیتو و باباخاکی و تخت ملک میل کرد و از باقی مردم هر که را استطاعتی بود با توشه به گوشه بیرون رفت و ارباب صلاح و جمعی که توکل درست و یقین صادق داشتند با زمره عجز و یورت (چادر و خیمه)  مانده بساط اقامت انداختند و سینه‌ها سپر قضا و هدف ناوک انداختند و در ماه رمضان نیران و آتش‌ کبریا چنان اشتعال یافت که خشک و تر می‌سوخت و تا غره (اول ماه) محرم سنه سبع و ستین و ثمان مائه(هشتصد و شصت و هفت)، خلایق به این علت از بلده و بلوکات بعضی به عالم فنا و بعضی به اطراف کوه و صحرا می‌رفتند و بازار و دکان و سودای سود و زیان بر افتاد و عدد فایت و مایت (فوت شده و مرده) از حد و عد و حیطه احصا تجاوز کرد و در کوچه‌های شهر جز صبا و دبور را مجال تردد و عبور نبود، بعد از آن چون آن علت روی به انحطاط نهاد، وزرا و اکابر شهر که به بادغیس رفته بودند باز آمده، مردم پریشان شده را باز آوردند و به امارت و وزارت ترغیب کرد تا به اندک زمانی بلده و بلوکات معمور و آبادان گشت (زمچی اسفزاری، ۱۳۳۸: ۲۶۲). یکی از تفاوت‌های این گزارش با گزارش‌های مورخان دیگر این است که مورخ برای اولین‌‌بار، نظر حکما و پزشکان را هم در کنار نظر اهل حق و خرافه‌گرایان ذکر کرده است؛ هرچند در نهایت نظر اهل حق را تایید کرده است:

حکما حدوث این بلیه را نتیجه عفونت آب و هوا دانسته‌اند و اهل حقایق، تبعه ذمایم افعال و قبایح اعمال عباد شمرده؛ چنانکه در مثنوی معنوی آمده است:

از زنا افتد وبا اندر جهات

قحط آرد در جهان منع زکات

و بی‌تکلف لطافت آب و هوای هرات که رشک تسنیم بهشتی و غیرت نسیم اردیبهشت است اقتضای طاعون نمی‌کند؛ اما به واسطه‌ کثرت مردم هوایی و ازدحام خلایق هر جایی هر آینه هرگونه افعال ناشایست در وجود می‌آمد و هیچ شک نیست که عقیده اهل حقایق، حق است، پس واقعه طاعون ذمایم اعمال گوناگون تواند بود [...] (زمچی اسفزاری، ۱۳۳۸: ۹۲). گزارش بعد به سال ۸۹۳ ه.ق (۱۴۸۸ م) در شهر تبریز مربوط است. در این واقعه نیز حکام شهر بنابر سنت دیرینه‌ای که در این مواقع وجود داشت، از شهر گریختند و طبق گفته مورخان، سلطان یعقوب از تبریز به واسفج (باسمنج) رفت تا از آن بیماری در امان بماند و چون داروغه تبریز به او خبر داد که طاعون هنوز در شهر کشتار می‌کند، به سراب و اردبیل گریخت (روملو، ۱۳۵۷: ۲۲۴-۴۳۲).

با یک نظر کوتاه به آمار ارائه‌شده، درمی‌یابیم که این بیماری در مناطق شمالی کشور رواج داشته است و فقط یک گزارش به جنوب ایران و شهر شیراز مربوط است. با مقایسه ساده بین مسیر جاده ابریشم و شهرهای طاعون‌زده، نتیجه می‌گیریم که بیماری در این مسیر در حال پیشروی بوده است. گزارش‌های مربوط به طاعون جهانگیر (پاندمیک) در سال‌های ۸۷۷- ۷۴۷ ه.ق (۱۴۳۷-۱۳۴۶م) که اروپا و آسیا را در نوردید، موید این گفته هستند. حاملان این بیماری موش‌های صحرایی و انسان‌ها (هیات‌های تجاری و سیاسی و میسیونری، به‌ویژه هیات‌های تجاری) بوده‌اند (کثیری و دیگران، ۱۳۹۰:۸۷).

از مقاله‌ای به قلم مسعود کثیری و  راضیه افشاری‌فر