یکی از مدارس مهم اصفهان که در دوره میانی سلطنت شاه سلطان حسین صفوی، در فاصله سال‌های ۱۱۱۶ تا ۱۱۲۶ ساخته شد (و البته از سال ۱۱۲۱ درس و بحث در آن آغاز گردید) مدرسه چهارباغ یا مدرسه سلطانی اصفهان است. مدرسه‌ای که خود شاه نیز حجره‌ای از آن را به خود اختصاص داده بود. شرح تاریخچه و عظمت مدرسه مزبور از لحاظ معماری، مساله‌ای است که در سفرنامه‌های مختلف مورد بحث قرار گرفته است. شاه صفوی پس از بنای مدرسه، کتابخانه‌ای نیز برای آن بنا کرد و خود به وقف شماری کتاب جهت آن همت گماشت. قاعدتا باید کسان دیگری نیز دست به این اقدام زده باشند. از آنجا که بنای این مدرسه در اواخر عصر صفوی بود، نباید در آن دوره کتابخانه توسعه فراوانی یافته باشد. با این حال شاه جهت کتابخانه وقف‌نامه‌ای ویژه تنظیم کرده که قواعد استفاده از کتاب‌ها نیز در آن آمده است.

در وقف‌نامه بلند مدرسه چهارباغ ضمن اشاره به مخارج مدرسه از هرجهت، حتی از مخارج کتابدار مدرسه نیز یاد شده است. از جمله هفت تومان سالانه برای کتابدار معین شده است. با این عبارت: «به دستور تسلیم کتابداری که متولی شرعی به جهت کتب وقفی مدرسه مبارکه مزبوره تعیین نموده باشد، نمایند، مقرر آنکه کتابدار مزبور در اکثر اوقاتی که طلبه را رجوع به کتاب‌های وقفی بوده باشد در مدرسه حاضر بوده، ضبط کتب وقفی حسب‌الوقوع نموده، صیانت آنها از تلف و ضیاع نماید و داد و ستد آنها را به شروحی که در ظهر کتب مزبوره مرقوم است، نماید». شروطی را که مربوط به استفاده از کتاب‌های وقفی بوده در پشت کتاب‌ها (به اجمال یا تفصیل) می‌آورند. این شروط همان‌ها است که در وقف‌نامه کتاب‌های مدرسه آمده است. از سرنوشت این کتابخانه در گذر تاریخ آگاهی نداریم. تنها گفته شده که وقتی در دوران سلطه افاغنه در معرض تهدید بوده، کتاب‌ها از طرف متولی در سردابه‌ای ریخته شده و متاسفانه پس از چندی بسیاری از آنها ضایع شده است. وجود یکی از کتاب‌های کتابخانه مدرسه چهارباغ، در کتابخانه مسجد گوهرشاد مشهد، ممکن است نشان دهد که آثار این کتابخانه، به مرور پراکنده شده است. کتاب شرح «هدایه الحکمه» از ملاصدرا به شماره ۱۳۶۳ در کتابخانه گوهرشاد نگهداری شده و در پشت آن وقف‌نامه این کتاب جهت مدرسه چهارباغ موجود است. قاعدتا باید به دلیل دایر بودن مدرسه در دوره قاجار، کتابخانه مدرسه تا حدی آباد شده باشد. بررسی وضعیت کتابخانه در این دوره تا انقلاب اسلامی نیاز به تحقیق و تتبع جدی دارد و لازم است برای روشن شدن میراث برجای مانده آن، از ساکنان قدیمی مدرسه و متولیان سابق و لاحق آن آگاهی‌های ضروری به‌دست آید.