گروه بوتان در سال۱۳۸۴ به فعالیتهای خود سازماندهی تازهای داد؛ هدف از این اقدام تغییر نقش بوتان، از یک واحد پشتیبانی صرف به یک واحد راهبردی مادر بود، همچنین برخی قسمتها بهصورت مستقل و درآمدزا شروع به سازماندهی کردند تا امکان ارزیابی، درآمدزایی و توسعه فعالیت وجود داشتهباشد.
شرکت بوتان ۴۶ سهامدار داشت. هفده نفرشان از فرزندان سهامداران اولیه بودند. آنها با سه سرپرست دیگر صاحب ۳۴.۳درصد سهام بودند که در اواسط سالهای دهه شصت برای کار و تحصیل به خارج از کشور رفته بودند، در همین اثنا شکایتی علیه آنها در دادسرا مطرح شد.