از جمله آثار او می‌توان به کتاب‌های تفکر زائد، آگاهی، نامه‌ای به ندیده‌ام و با پیر بلخ و همچنین از جمله ترجمه‌های او به حضور در هستی، نگاه در سکوت، شرح زندگی و تضادهای درونی ما اشاره کرد. مراسم تشییع پیکر و خاک‌سپاری ساعت ۱۰ صبح امروز چهارشنبه در بهشت زهرا برگزار می‌شود. همچنین مراسم یادبود مرحوم محمدجعفر مصفا روز جمعه ۱۷ اسفندماه ۹۷ از ساعت ۱۰:۳۰ تا ۱۲ در مسجدالرضا واقع در خیابان سهروردی، خیابان خرمشهر، خیابان عشقیار برگزار می‌شود.