آیت‌الله سید جعفر شبیری مدارج علمی را در محضر پدر و سایر اساتید آن زمان همچون مرحوم امام، آیت‌الله مستنبط و سایر مراجع فراگرفت اما درباره عدم شرکت در درس آیت‌الله بروجردی عذری داشت که در مصاحبه به آن اشاره کرده است. همین عذر بود که او را به جلسات درس حاج شیخ مرتضی حائری کشاند و از این رهگذر توفیق مصاحبت چندساله با رهبر انقلاب پیدا کرد.

وی خاطره‌ای از دیداری با آیت‌الله خامنه ای در زمان پس از انقلاب تعریف می‌کنند که به شرح زیر است:

پس از انقلاب، یک شب با عده‌ای از دوستان که معمولاً قبل از انقلاب با آقای خامنه‌ای نشست و برخاست داشتند، قول و قراری گذاشته که خدمت آقای خامنه‌ای برویم. سرزده به منزل ایشان رفتیم، ایشان در منزل یک سری مراجعات داشتند. بعد از مراجعات، نزد دوستان آمدند. بعد از مدتی آقا به اندرونی منزل رفتند و نزد دوستان برگشتند و گفتند ما شب پختنی نمی‌خوریم، شما هم از قبل نگفته بودید که ما شام آماده کنیم.

من گفتم: نان و پنیر در خانه دارید، ایشان هم گفتند: «بله». من هم گفتم همان را بیاورید. مشاهده کردم که برخی دوستان سختشان است نان و پنیر بخورند. بنابراین آقای خامنه‌ای به آشپزخانه رفتند و بازگشتند و گفتند که دو سیب زمینی پخته نیز است ودو مرتبه به آشپزخانه رفتند و آمدند و گفتند دو تخم مرغ هم هست و نیمرو درست کردند و سر سفره آوردند. جلسه انس خیلی خوبی بود.