مظفری که پیش از این مسوولیت فرمانداری شهرستان نیشابور را بر عهده داشت پس از اجرایی کردن قانون منع به کار گیری بازنشستگان و کناره گیری انصاری لاری، به عنوان مدیرعامل منطقه آزاد کیش انتخاب شد.

غلامحسین مظفری ریاست سازمان جهاددانشگاهی مشهد، فرمانداری نیشابور، معاونت برنامه ریزی واداری و مالی استانداری خراسان و نمایندگی مردم نیشابور در مجلس شورای اسلامی را در کارنامه خود دارد.