در واکنش به خبر فوت رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام احمد توکلی عضو این مجمع با اشاره به جایگاه آیت الله هاشمی شاهرودی گفت: آیت‌الله شاهرودی در دسته‌بندی‌های سیاسی هیچ‌گاه وارد نشد. بر همین اساس وقتی او رئیس شورای حل اختلاف بین دولت و مجلس شد، هیچ فرد و گروهی تعجب نکرد که چرا او باید در این جایگاه باشد. وی درباره احساس خلأ آیت‌الله هاشمی‌شاهرودی در جلسات مجمع تشخیص گفت: در زمانی که ایشان مریض بود، جلسات را آقایان موحدی‌کرمانی و رضایی اداره می‌کردند ولی به هر حال خلأ ایشان حس می‌شد.

آیت‌الله هاشمی‌شاهرودی پس از فوت آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی، در ۲۳ مرداد ۹۶ با حکم رهبر معظم انقلاب به‌عنوان سومین رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام منصوب شد. او آخرین‌بار در ۱۶ تیرماه سال‌جاری به‌عنوان رئیس، اداره جلسه مجمع را برعهده داشت و پس از آن به‌دلیل بیماری نتوانست در جلسات مجمع تشخیص مصلحت نظام شرکت کند. آیت‌الله‌ سیدمحمود هاشمی‌شاهرودی در سال‌ ۱۳۲۷ هجری شمسی در شهر نجف‌ و در خانواده مذهبی و از سادات‌ منسوب‌ به‌ امام‌ حسین‌(ع‌) چشم‌ به‌ جهان‌ گشود. او طی سال‌های گذشته عضویت و نایب‌رئیسی مجلس خبرگان رهبری، عضویت در جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، عضویت فقهای شورای‌نگهبان، ریاست هیات‌عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه‌گانه و ریاست قوه‌قضائیه در سال‌های ۱۳۷۸ تا ۱۳۸۸ را برعهده داشت. آیت‌الله هاشمی‌شاهرودی در اردیبهشت ۱۳۹۶ به‌دلیل بیماری در یکی از بیمارستان‌های تهران مدتی بستری شد. وی به توصیه و اصرار پزشکان برای ادامه درمان به آلمان سفر کرد و پس از مدتی مجددا به کشور بازگشت و ادامه سیر درمان و مراقبت از ایشان در تهران انجام شد.

آیت‌الله هاشمی‌شاهرودی پس از بازگشت از آلمان در گفت‌وگویی با اشاره به ابتلایش به بیماری روده بزرگ از عمل جراحیش در یکی از بیمارستان‌های تهران خبر داد. به‌دنبال آن محمدرضا باهنر، عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام درتاریخ ۱۵ بهمن سال ۹۶ در گفت‌وگویی با اشاره به بیماری رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام و عمل جراحی او از برداشتن یکی از کلیه‌های او به اشتباه و حین درمان خبر داد. او طی این مدت و به‌رغم بیماری در جلسات مجمع شرکت می‌کرد، اما در نهایت بنا به توصیه پزشکان از حضور در جلسات مجمع خودداری کرد. در شامگاه سوم دی‌ماه ۹۷ رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام به‌دلیل نامساعد بودن شرایط جسمانی در بخش مراقبت‌های ویژه بستری شد.