ضعف در زیرساخت‌‌‌های فناوری اطلاعات، فقدان پایگاه جامع اطلاعات مودیان، عدم‌ارتباط اطلاعاتی و آماری میان تشکیلات اجرایی، ساختار تشکیلات اجرایی گسترده مبتنی بر الگوی پیمانه‌‌‌ای و فرآیندهای ناکارآمد اخذ مالیاتی، از مهم‌ترین علل ناکارآمدی سازمان امور مالیاتی بوده است که باید در اصلاح مدیریت نظام مالیاتی جدید مورد توجه قرار گیرد. همچین یکی از مشکلات نظام مالیاتی، گستردگی معافیت‌‌‌های مالیاتی است که باعث شده است، بخش قابل‌توجهی از اقتصاد در چارچوب قانون، مالیات پرداخت نکنند. معافیت‌‌‌ها و فرارهای مالیاتی، علاوه بر آسیب‌زدن به تولید و کوچک‌کردن ثروت ملی و ناعادلانه بودن، سبب وابستگی بودجه به درآمدهای نفتی یا استقراض مستقیم و غیرمستقیم دولت از بانک‌مرکزی و شبکه بانکی شده است که از این طریق، ثبات اقتصادی را به خطر می‌اندازد و تاب‌آوری اقتصاد را کاهش می‌دهد.

تا سال‌های گذشته ارزش‌افزوده عملا از تولیدکنندگان دریافت می‌شد، نه از مصرف‌کنندگان که با محاسبه ساده‌‌‌ می‎‌‌‌توان متوجه شد، نرخ مالیات بر درآمد تولیدکنندگان در قانون ۲۵‌درصد است؛ اما برای بسیاری از تولیدکنندگان، با توجه به اینکه ۹‌درصد از ارزش‌افزوده را نمی‌‌‌توانند از مصرف‌کننده نهایی دریافت کنند و خودشان پرداخت می‌کنند، بیش از ۴۵‌درصد مالیات پرداخت می‌کنند که این مساله به ضرر بسیاری از تولیدکنندگان است. از سوی دیگر، شاهد هستیم که در بسیاری از نقاط کشور، با ارقامی که برای وصول مالیات بر استان‌‌‌ها تعیین شده، باز هم فشار اصلی روی تولیدکنندگان و کارآفرین‌‌‌هاست و در واقع بر فعالیت‌‌‌های کاذبی که باعث فساد در کشور می‎شود، فشار وارد نمی‌شود. البته اخیرا اقداماتی برای مقابله با سوداگری انجام شده است که امیدواریم زودتر به نتیجه برسد و بتواند فضای کسب‌وکار را با توجه به تئوری مساواتی که داریم، رعایت کند.

وضع موجود و شاخصه‌‌‌های اقتصادی گواه این هستند که فضای کسب‌وکار به معنای واقعی برای سرمایه‌گذاری و تلاش مولد مساعد نیست و مشوق‌‌‌های لازم را در این بخش نداریم. ماده «۱۳۲» قانون معافیت مالیاتی در نقاط محروم ‌‌‌‌‌‌کمتر توسعه‌یافته در طرح توسعه واحدهای تولید عملا اجرا نمی‌شود و تفسیرهای نادرستی از آن می‌شود و تولیدکننده را در توسعه اشتغال جدید و سرمایه‌گذاری از حق قانونی معافیت مالیاتی محروم می‌کند که این موارد باید اصلاح شود تا سرمایه‌گذاری و اشتغال در کشور رونق بگیرد. همچنین حاشیه سود تولیدکنندگان در این چند سال از نرخ تورم عقب‌تر بوده؛ اما متاسفانه بخش‌‌‌های واسطه‌‌‌گری هماهنگ با نرخ تورم پیش رفته است. بنابراین در حال حاضر، باید به مشکلات تولیدکنندگان در این شرایط بیشتر توجه شود؛ چرا که توجه به این امر و واقعیت‌‌‌های تولیدکنندگان بخش خصوصی، باعث تصمیمات موثر و کارآمد و در نهایت، توسعه اقتصادی می‌شود.