بی‌تردید یکی از این آسیب‌ها، بی‌توجهی و عدم دقت لازم به توسعه متوازن در لایحه بودجه سنواتی است. گاه بر اساس چانه‌زنی‌های منطقه‌ای و استانی و نیز برخی فشارها، اعتباراتی درنظر گرفته می‌شود که موضوع توسعه متوازن در کشور را با چالش‌هایی روبه‌رو کرده و آن را از بین می‌برد. این موضوع خود را در تخصیص اعتبارات بیشتر به برخی پروژه‌ها و نیز تخصیص کمتر اعتبار به برخی دیگر نشان می‌دهد. همچنین تعداد پروژه‌های نیمه‌تمامی که تعریف شده اما در عین حال به هیچ جا نرسیده و تکمیل آنها عملیاتی نشده است، قابل توجه است.

مشکل اساسی دیگری که در لوایح بودجه‌ای وجود دارد، آن است که باید مشتمل بر درآمدها و هزینه‌های سالانه کشور باشد. این در حالی است که گاه در روند تصویب بودجه، فراتر از درآمدها و هزینه‌های کشور، قانون‌گذاری نیز صورت می‌گیرد. از آنجا که قانون بودجه کشور قانونی کوتاه‌مدت و یکساله است، بنابراین قانون‌گذاری غیر از آنچه مربوط به درآمدها و هزینه‌های کشور است، تحت لوای قانون بودجه سنواتی بی‌شک آثار و تبعات منفی در پی خواهد داشت. در واقع نباید در بودجه‌ریزی، وارد حوزه قانون‌گذاری جدید که غیر از درآمدها و هزینه‌های کشور است، شد.

نکته دیگر آن است که بودجه سنواتی ایران همواره وابسته به نفت تعریف شده و هیچ گاه نتوانستیم وابستگی کشور به منابع حاصل از نفت را در بودجه‌های سنواتی به صفر برسانیم یا به شکل چشمگیری کاهش دهیم. این وابستگی به نفت آن زمان آسیب‌های خود را به‌صورتی ملموس نشان می‌دهد که در روند کسب درآمد‌های پیش‌بینی شده حاصل از محل فروش نفت، مانعی ایجاد شود. تحریم‌های نفتی یکی از اصلی‌ترین موانعی است که می‌تواند مانع تحقق منابع پیش‌بینی‌شده حاصل از فروش نفت در بودجه سالانه شود. بنابراین هر اندازه که بودجه کشور به نفت وابسته باشد، میزان انعطاف‌پذیری بودجه را کاهش می‌دهد زیرا دولت درآمدهای پیش‌بینی شده از این محل را به دست نمی‌آورد و درواقع از هزینه‌کرد این درآمدهای پیش‌بینی شده برای برخی مصارف باز می‌ماند. ایران طی سال‌های گذشته چند بار تحریم را تجربه کرده است. علاوه بر سال ۹۷، در سال ۹۱ هم تحریم‌هایی علیه ایران صورت گرفت و فروش نفت کشور به شدت کاهش یافت. در واقع هنگامی که قدرت‌ها بخواهند کشوری را تهدید کنند، دست بر نقاط ضعف آن کشور می‌گذارند و آنچه یکی از اصلی‌ترین نقاط ضعف ایران به شمار می‌رود که می‌توان از طریق آن فشارهایی به ایران تحمیل کرد، وابستگی اقتصاد آن به نفت است. این خود یکی از اصلی‌ترین محل‌های شکنندگی و آسیب‌پذیری کشور در معادلات بین‌المللی است که تبعات آن بیش از همه مردم، معیشت و آبادانی کشور را نشانه می‌رود. با این همه آیا ایران طی سالیان گذشته که بارها از این ناحیه با فشارها و تحریم‌های بین‌المللی روبه‌رو شد، دست به ترمیم نقاط شکننده زد و این ایراد را رفع کرد؟ پاسخ واضح است؛ خیر. حتی در دولت یازدهم که برجام قفل‌های تحریمی بسیاری را از پای کشور باز کرد، یکی از موضوعاتی که در اولویت قرار دادیم، افزایش فروش نفت بود. این در حالی است که می‌توانستیم بودجه سالانه کشور را بر اساس درآمدهای دوران تحریم تدوین کنیم و از وابستگی به درآمد نفتی بکاهیم و مازاد فروش نفت را برای کارهای زیرساختی و حل معضلات و مشکلات اقتصادی اختصاص می‌دادیم. در این صورت تحریم را با بستن بودجه‌ای که کمترین وابستگی به نفت دارد، کم‌اثر می‌کردیم.

نکته دیگر موضوع اعتمادی است که بودجه باید در افکار عمومی و مردم ایجاد کند؛ اتفاقی که تا امروز رخ نداده است. هرچند دولت اعلام می‌کند شفافیت بودجه را افزایش داده، اما همچنان ردیف‌های اعتباری و جزئیات آن در اختیار همگان قرار نمی‌گیرد و به‌صورت شفاف در اختیار افکار عمومی قرار نمی‌گیرد. همین موضوع سبب می‌شود که افکار عمومی به بودجه‌ها به دیده تردید بنگرند. این عدم شفافیت هم در تدوین بودجه وجود دارد و هم در عملکرد بودجه‌ای دولت، زیرا نه نمایندگان مجلس و نه افکار عمومی ساز و کاری برای بررسی دقیق عملکرد بودجه‌ای دولت طی یک سال در اختیار ندارند. از سوی دیگر، شفافیت در بودجه آن زمان اثرگذار است که به اصلاح روند غلط بودجه‌ای که در سال‌های گذشته رخ داد، بینجامد و در بودجه سال آینده از تکرار آن جلوگیری شود. این در حالی است که در برخی موارد، شفافیت را با اعلامی کردن یک سیاست‌گذاری حتی یک سیاستگذاری غلط تعریف می‌کنند.  بر اساس تجربه چند ساله بررسی و تصویب بودجه در مجلس، درصد تغییر لایحه بودجه اندک است. بنابراین این لایحه آن زمان باید مورد اصلاحات اساسی قرار گیرد که دولتی‌ها در حال تدوین و نگارش آن هستند و زمانی که به مجلس می‌رسد، لایحه بودجه اولویت‌بندی شده و علمی و عملیاتی باشد.