در گزارش دیوان محاسبات کشور عنوان شده است بر اساس قانون بودجه، در هر سال یک درصد به‌عنوان مالیات سلامت به نرخ مالیات بر ارزش افزوده سهم دولت اضافه می‌شود که باید به پیشگیری و پوشش کامل درمان افراد ساکن در روستاها و شهرهای دارای ۲۰هزار نفر جمعیت و پایین‌تر و جامعه عشایری اختصاص ‌یابد و پس از تحقق هدف مذکور نسبت به تکمیل و تامین تجهیزات بیمارستانی و مراکز بهداشتی و درمانی با اولویت بیمارستان‌های مناطق توسعه‌نیافته و... اقدام شود. در این بند قانونی تاکید شده است که هرگونه پرداخت هزینه‌های پرسنلی نظیر حقوق و مزایا، اضافه کار، کمک‌های رفاهی، پاداش، فوق‌العاده‌‌‌‌های ماموریت، کارانه، بهره‌وری، مدیریت، نوبت کاری، دیون و مانند آن و هزینه‌های اداری نظیر اقلام مصرفی اداری و تامین اثاثیه و منصوبات اداری از این محل ممنوع است. بررسی‌های دیوان محاسبات کشور حاکی است که در مجموع بیش از ۱۳هزار میلیارد تومان به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی از محل این ماده قانونی پرداخت شده است. بنا بر گزارش دیوان محاسبات کشور، اهداف اصلی این پرداخت‌ها به شرح ذیل بوده است:

- سازمان بیمه سلامت: بابت اجرای تفاهم‌نامه پزشک خانواده و نظام ارجاع روستاییان و عشایر و شهرهای زیر ۲۰۰۰۰ نفر

- هیات امنای صرفه‌جویی ارزی در معالجه بیماران: بابت پرداخت بدهی‌های خرید واکسن کرونا

- سازمان غذا و دارو: بابت خرید و توزیع مکمل‌های دارویی و واکسن آنفولانزا

- سازمان مجری ساختمان‌های و تاسیسات دولتی و عمومی: بابت تکمیل طرح‌های بیمارستان‌های در شرف بهره‌برداری با رعایت مناطق محروم و مطالبات طرح‌های خاتمه‌یافته بیمارستانی

- شرکت توسعه و تجهیز مراکز بهداشتی و تجهیزات پزشکی کشور: بابت تکمیل طرح‌های بیمارستان‌های در شرف بهره‌برداری با رعایت مناطق محروم و مطالبات طرح‌های خاتمه‌یافته بیمارستانی

- ادارات کل راه و شهرسازی استان‌ها: بابت تکمیل طرح‌های بیمارستان‌های در شرف بهره‌برداری با رعایت مناطق محروم

- اورژانس استان تهران: بابت تکمیل و تجهیز بیمارستان‌ها و مراکز بهداشتی و درمانی

- سازمان انتقال خون ایران: بابت تکمیل و تجهیز بیمارستان‌ها و مراکز بهداشتی و درمانی

- انستیتو پاستور ایران: بابت تکمیل و تجهیز بیمارستان‌ها و مراکز بهداشتی و درمانی

- دانشگاه‌های علوم پزشکی: بخشی بابت مقابله با بیماری سالک و پشه آئدِس

به‌رغم مشخص بودن محل هزینه‌کرد این پرداخت‌ها، انحراف‌هایی را شاهد هستیم که در تفریغ بودجه سال ۱۴۰۱ مشخص خواهد شد اما گزارش تفریغ بودجه سال ۱۴۰۰ برخی از موارد انحراف عملکرد دانشگاه‌های علوم پزشکی در هزینه‌کرد اعتبارات یک‌درصد مالیات سهم سلامت در این سال را نشان می‌دهد. مهرداد بذرپاش، رئیس کل دیوان محاسبات کشور، در بخش دیگری از این گزارش به عملکرد برنامه ششم توسعه در بخش سلامت پرداخت. بر‌اساس بررسی‌های دیوان محاسبات کشور، احکام قانون برنامه ششم توسعه در بخش سلامت، بیمه، سلامت زنان و خانواده ۵/ ۳۵درصد محقق شده، در حدود ۴۲درصد بخشی از اهداف محقق شده و حدود ۱۶درصد در مهلت مقرر قانونی تحقق‌ نیافته و حدود ۷درصد دیگر از احکام محقق نشده است.

برخی از مهم‌ترین احکامی که به اهداف قانونی نرسیده‌اند شامل پوشش بیمه سلامت برای تمامی آحاد جمعیت کشور، متناسب‌سازی کمیت و کیفیت تربیت نیروی انسانی گروه پزشکی، مصون‌سازی و افزایش توان بازدارندگی کشور، رعایت سیاست‌های کلی جمعیت، سلامت مادر و کودک و ارتقای شاخص‌های نسبت مرگ مادر و نوزادان، برخورداری از یارانه دولت جهت حق سرانه بیمه از طریق ارزیابی وسع است. دیوان محاسبات کشور متذکر می‌شود حدود ۱۰درصد از جمعیت کشور (حدود ۵/ ۸ میلیون نفر) فاقد پوشش بیمه‌ای هستند که ضرورت دارد تمهیدات لازم به منظور پوشش بیمه اجباری برای کلیه افراد اتخاذ شود. در تعیین حق بیمه پایه سلامت خانوار به عنوان سهمی از درآمد سرپرست خانوار، بخشی از اهداف قانونگذار محقق شده است.

بالغ بر ۹۱درصد از معرفی‌شدگان تحت پوشش بیمه پایه سلامت قرار گرفته‌اند و تعداد ۷۵هزار نفر تحت عنوان پناهندگان غیرآسیب‌پذیر جهت بارگذاری به این سازمان معرفی شده‌اند، که تعداد بالغ بر ۳هزار و ۵۰۰ نفر پس از پرداخت حق بیمه تحت پوشش قرار گرفته‌اند. می‌توان گفت در دو سال اول اجرایی شدن قانون برنامه ششم، استقرار سامانه پرونده الکترونیکی سلامت ایرانیان، به دلیل عدم‌وجود زیرساخت‌های نرم‌افزاری و سخت‌افزاری اجرایی نشده است. همچنین ارائه خدمات فقط برای بیمه‌شدگان صندوق روستاییان و عشایر و شهرهای زیر بیست‌هزار نفر در قالب پزشک خانواده و نظام ارجاع و صرفا از بخش دولتی صورت می‌پذیرد.