زمزمه‌های برکناری رییس دانشگاه آزاد که با روی کار آمدن دولت روحانی شدت گرفته بود نهایتا به حقیقت پیوست و فرهاد دانشجو رییس این دانشگاه روز پنج‌شنبه رسما از سوی هیات امنای دانشگاه آزاد اسلامی عزل شد. برکناری دانشجو انتقاد شدید برخی از رسانه‌های اصولگرا را در پی داشته است، به گونه‌ای که برخی از این رسانه‌ها این برکناری را سیاسی تفسیر می‌کنند. در واکنشی تند غلامعلی حدادعادل، عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات، در حاشیه همایش صلح عادلانه در نظام جهانی در دفتر مطالعات سیاسی و بین‌المللی وزارت امور خارجه، ضمن شتابزده خواندن این اقدام، انتقاد خود را با لحنی هشدارگونه خطاب به هیات امنای دانشگاه آزاد مطرح کرد و تغییر رییس این دانشگاه را برای طراحان آن پشیمان‌کننده خواند. سایت «فرارو» در این باره نوشته است : نماینده تهران در مجلس هشدار داد این اقدام شتابزده که در کام طراحان آن شیرین است، در آینده برای طراحان آن تلخ و پشیمان‌کننده خواهد بود. وی در ادامه از رسیدگی این موضوع در روزهای آینده و در کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس خبر داد. به گزارش «ایسنا»، حداد عادل در پاسخ به سوالی درباره اینکه آیا این اقدام در راستای ایجاد یک نهاد تبلیغاتی برای انتخابات مجلس صورت گرفته است، گفت که می‌توان این احتمال را داد، اما چون من سند و مدرکی در اختیار ندارم از اظهارنظر درباره آن خودداری می‌کنم، ولی در اینکه خیلی‌ها برای تصرف بهارستان در دور آینده خیز برداشته‌اند نباید شک کرد. حدادعادل تنها به انتقاد از برکناری دانشجو اکتفا نکرد و در سخنانش در این همایش هم درباره رابطه ایران با غرب به تندی سخن گفت و با تاکید بر اینکه نباید این تصور را داشت که دنیای غرب تحول پیدا کرده و استعمارگری آن مربوط به قرون گذشته بوده است، یادآور شد: آنها توبه‌ای نکرده‌اند که به فکر صلح و دوستی افتاده باشند چه اتفاقی افتاده که تصور کنیم آنها تغییر کرده‌اند. در واقع هیچ اتفاقی نیفتاده و غرب همان غرب است.

عطاءالله سلطانی عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس هم در ادامه عکس‌العمل‌ها به عزل دانشجو، در گفت‌وگو با خبرگزاری فارس از بررسی تغییرات دانشگاه آزاد و عزل‌ونصب‌های وزارت علوم در جلسه فردای این کمیسیون خبر داد و با اشاره به دستور کار این کمیسیون در خصوص حضور رییس دانشگاه آزاد برای ارائه گزارش پیرامون برنامه‌های آغاز سال تحصیلی، گفت: این دستورکار قبل از تغییر رییس دانشگاه آزاد تنظیم شده بود و اکنون با توجه به وجود تغییرات در این دانشگاه، قرار نیست آقای میرزاده سرپرست جدید دانشگاه آزاد در جلسه کمیسیون حضور یابد. به دلیل برکناری آقای دانشجو از ریاست دانشگاه آزاد بحث تغییرات در این دانشگاه در جلسه فردای کمیسیون آموزش بررسی می‌شود.

فرهاد دانشجو رییس پیشین دانشگاه آزاد اسلامی، کمتر از دو سال پیش و در ۲۷ دی ماه سال ۱۳۹۰ پس از کش‌وقوس‌های فراوان از سوی هیات امنای این دانشگاه و برخلاف نظر هیات موسس جایگزین عبدالله جاسبی شد. اما پس از تکیه حسن روحانی بر کرسی ریاست‌جمهوری ایران، ترکیب هیات امنای دانشگاه آزاد تغییر کرد و با حضور جعفر توفیقی به عنوان سرپرست وزارت علوم و حسین هاشمی وزیر بهداشت و درمان در ترکیب تازه، شرایط به سود هاشمی رفسنجانی و هیات موسس عوض شد. با این شرایط هیات امنای جدید، در جلسه ای اضطراری تصمیم به برکناری دانشجو گرفت و به جای وی، حمید میرزاده را به عنوان سرپرست دانشگاه آزاد اسلامی انتخاب کرد.