پیشنهادهای اصلاحی مرکز پژوهش‌های مجلس با مفاد لایحه برنامه پنجم توسعه مورد مقایسه و تطبیق قرار گرفت و این مرکز در مجموع ۶۶ ماده از لایحه پیشنهادی دولت را عینا مورد پذیرش قرار داد یا اصلاح عبارتی (جزئی) کرد، برای ۵۶ ماده پیشنهاد اصلاح کلی و برای ۷۷ ماده نیز پیشنهاد حذف را مطرح کرد. این مرکز همچنین ۵۶ ماده برای الحاق به این لایحه پیشنهاد کرده است. به گزارش دنیای‌اقتصاد، دفتر مطالعات برنامه و بودجه مرکز پژوهش‌ها در فصل‌های مختلف لایحه برنامه پنجم توسعه، پیشنهادهای خود را به صورت موردی مطرح کرده است. بر اساس اعلام مرکز پژوهش‌ها، ارزیابی احکام لایحه و پذیرش پیشنهادهای جدید بر مبنای معیارهایی بدین شرح صورت گرفته است:

۱ - هر حکمی که برخلاف سیاست‌های ابلاغی مقام معظم رهبری در خصوص برنامه پنجم توسعه بوده یا به نوعی در پی اصلاح این سیاست‌ها بوده، حذف یا اصلاح کلی شده است.

۲ - هر حکمی که اصل یا اصولی از قانون اساسی را نقض کرده، حذف یا اصلاح کلی شده است. در لایحه دولت در موارد متعددی اصل

هشتادو پنجم قانون اساسی (که نمایندگی را قائم به شخص دانسته و بر این اساس مجلس نمی‌تواند اختیار قانون‌گذاری را به شخص یا هیاتی واگذار کند)، اصل پنجاه و یکم قانون اساسی (هیچ نوع مالیات وضع نمی‌شود مگر به موجب قانون و موارد معافیت و بخشودگی و تخفیف مالیاتی نیز به موجب قانون مشخص می‌شود) و اصل پنجاه و سوم قانون اساسی (کلیه دریافت‌های دولت در حساب‌های خزانه‌داری کل متمرکز می‌شود و همه پرداخت‌ها در حدود اعتبارات مصوب به موجب قانون انجام می‌گیرد) نقض شده بود، که حذف یا اصلاح شده است.

۳ - طبق تفسیر شورای نگهبان از اصل هفتادو چهارم قانون اساسی ارائه لایحه توسط دولت باید انجام گیرد. بر این اساس نمی‌توان دولت را ملزم به آوردن لایحه کرد مگر در مواردی که برای دستیابی به اهداف سیاست‌های کلی برنامه پنجم توسعه، اصلاح قانون یا رفع خلأ قانونی مورد نیاز باشد. در این گونه موارد پیشنهاد یا عبارت «بر اساس بند ... سیاست‌های ابلاغی برنامه پنجم توسعه دولت موظف است برای ... اقدام قانونی لازم را انجام دهد» ارائه شده است.

۴ - سند برنامه محل اصلاح قوانین دائمی نیست. هر حکمی که به طور صریح یا ضمنی قوانین جاری را نسخ کند (جز در موارد خاص که برای دستیابی به اهداف سیاست‌های کلی برنامه پنجم توسعه نیازمند اصلاح قانون باشد) حذف یا اصلاح کلی شده است.

۵ - در قوانین فعلی کشور، دولت اختیارات بسیاری برای اداره امور کشور دارد. بنابراین موادی که به این امور پرداخته‌اند یا اساسا انجام آن حکم نیازی به مجوز قانون‌گذار ندارد، حذف یا اصلاح کلی شده است.

۶ - احکام و پیشنهادهایی که فاقد ماهیت برنامه‌ای بوده‌اند و جزو اولویت‌های تعیین شده در سیاست‌های کلی برنامه پنجم توسعه نبوده و فاقد زمانبندی و متولی اجرایی مشخص بوده، حذف شده است.

مرکز پژوهش‌ها می‌افزاید: با اتخاذ رویکرد و معیارهای فوق ۶۶ ماده از لایحه پیشنهادی دولت عینا مورد پذیرش قرار گرفته یا اصلاح عبارتی (جزئی) شده است، ۵۶ ماده اصلاح کلی شده و ۷۷ ماده نیز حذف شده است. همچنین به منظور پوشش دادن به برخی سیاست‌های کلی برنامه پنجم یا مسائل اساسی کشور (که در بررسی‌های انجام شده توسط دفاتر تخصصی مرکز استخراج شده است) ۵۶ ماده برای الحاق به این لایحه پیشنهاد شده است.