پیرو درج مطلبی با عنوان «‌آیا مرجعیت سلب کردنی است» در صفحات اول و دوم شماره ۲۱۴۱ مورخ ۱۳/۱۰/۸۸ روزنامه اعتماد، این روزنامه از سوی اداره کل مطبوعات و خبرگزاری‌های داخلی تذکر کتبی دریافت کرد. به گزارش فارس، روابط عمومی معاونت امور مطبوعاتی و اطلاع‌رسانی در قسمت‌هایی از مطلب روزنامه اعتماد، اقدام جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در سلب شرایط مرجعیت آقای شیخ یوسف صانعی «جدید و نگران‌کننده» نامیده شده است.

در این تذکر آمده است:‌ «مطلب براساس بند ۱۱ ماده ۶ قانون مطبوعات که «پخش شایعات و مطالب خلاف واقع» را غیرمجاز می‌داند، خلاف قانون مطبوعات است؛ زیرا اولا در موارد مشابه این اقدام سابقه روشنی دارد و ثانیا «جامعه مدرسین حوزه علمیه قم» از منظر امام خمینی (ره) چنین توصیف شده است: «مگر همان‌ها (جامعه مدرسین) نبودند که در کوران مبارزه حکم به غیرقانونی بودن سلطنت دادند؟ مگر همان‌ها نبودند که وقتی یک روحانی به ظاهر در منصب مرجعیت از اسلام و انقلاب فاصله گرفت؛ او را به مردم معرفی کردند؟ اگر خدای ناکرده اینها شکسته شوند، چه نیرویی جای آنها را خواهد گرفت؟ و آیا ایادی استکبار، روحانی‌نماهایی را که تا حد مرجعیت تقویت نموده است،‌ فرد دیگری را بر حوزه‌ها حاکم نمی‌کنند؟» (صحیفه نور جلد ۲۱ صفحه ۲۸۷). براین اساس مطلب روزنامه شما در تخریب جایگاه «جامعه مدرسین» به مقابله با دیدگاه امام خمینی(ره) پرداخته است.

همچنین در پایان همین مطلب روزنامه آمده: «باید دید که اقدام جامعه مدرسین... چه واکنشی در میان فقها، علما و نیز مقلدان و محافل مذهبی خواهد داشت»؛ این جمله تفرقه‌انگیز که تقابل سایر حوزویان و محافل مذهبی با جامعه مدرسین را دنبال می‌کند، از یک طرف با بند ج ماده ۲ رسالت مطبوعات در تعارض است و از طرف دیگر تخلف از بندهای ۴ و ۵ ماده ۶ قانون مطبوعات می‌باشد که «ایجاد اختلاف مابین اقشار جامعه» و نیز «تحریص و تشویق افراد و گروه‌ها به ارتکاب اعمالی علیه امنیت، حیثیت و منافع جمهوری اسلامی ایران در داخل یا خارج» را مجاز نمی‌داند. لذا ضمن تذکر کتبی به آن روزنامه، پرهیز از استمرار قانون‌شکنی، شایعه پراکنی و حمایت از قانون‌شکنان را موکدا به شما یادآوری می‌نماید.» ضمنا روزنامه‌های «ابتکار»، «آرمان روابط عمومی»، «کارون» و «روزان» به دلیل ارتکاب تخلفات قانونی در همین روز تذکر کتبی گرفتند.