وزارت دادگستری آمریکا اعلام کرده پرونده کاوه افراسیابی براساس تحقیقات مشترک این وزارتخانه و پلیس فدرال، اف‌بی‌آی، تنظیم و به دادگاه ارجاع شده و در کیفرخواست ارائه‌شده، اتهام «نقض قانون ثبت نمایندگان خارجی» در کنار «توطئه برای اقدام به‌عنوان عامل ثبت‌نشده»، ذکر شده است. وزارت دادگستری آمریکا همچنین عنوان کرد افراسیابی به استخدام دفتر نمایندگی جمهوری اسلامی ایران در سازمان ملل درآمده و سال‌ها «مخفیانه» برای آن کار می‌کرده است. این وزارتخانه مدعی شده کاوه افراسیابی در پوشش استاد علوم سیاسی، از طریق انتشار کتاب و مقاله‌هایی که در آنها عملا مواضع رهبران جمهوری اسلامی را بازتاب داده، درصدد اعمال فشار بر نهاد‌های تصمیم‌گیری آمریکا بوده و در این راستا، لابی‌گری کرده و با مقامات دولتی و آمریکا تماس گرفته است. دادگستری آمریکا افراسیابی را که در دانشگاه بوستون و سایر دانشگاه‌های آمریکا تدریس کرده؛ به نقض «قانون ثبت کارگزاران کشورهای خارجی»، از طریق فعالیت اعلام‌‌نشده به نیابت از حکومت جمهوری اسلامی ایران متهم کرد.«جان دیمرز»، دستیار وزیر دادگستری آمریکا در این باره ادعا کرده: «کاوه افراسیابی بیش از یک دهه است که خودش را به‌عنوان کارشناس بی‌طرف و منصف درخصوص ایران به کنگره، روزنامه‌نگاران و مردم آمریکا معرفی کرده، با وجود این، افراسیابی همزمان کارمند مخفی حکومت ایران و دفتر دائم جمهوری اسلامی ایران در سازمان ملل بوده و بابت انتشار تبلیغات آنها پول دریافت کرده است.» براساس این ادعا، افراسیابی به‌صورت عامدانه از ثبت نامش به‌عنوان کارگزار کشور خارجی طبق مفاد «قانون ثبت کارگزاران خارجی» نزد دادگستری آمریکا خودداری کرده است.وزارت دادگستری آمریکا برای تایید ادعاهای خود درخصوص کاوه افراسیابی مستنداتی ارائه نکرده است. در پایان بیانیه دادگستری آمریکا اشاره شده ادعاهای مطرح‌‌شده در شکوائیه موردنظر ادعا هستند و متهم تا زمانی که مجرم شناخته نشود بی‌گناه است. در صورتی که دادگاه افراسیابی را مجرم بشناسد او به حداکثر ۱۰ سال حبس محکوم خواهد شد.این اقدام واکنش «سعید خطیب‌زاده» سخنگوی دستگاه دیپلماسی را به همراه داشت و او در گفت‌وگو با «ایسنا» این اقدام آمریکا را گروگانگیری آشکار علیه اتباع ایرانی خواند و افزود: آقای افراسیابی استاد شناخته‌شده دانشگاه هستند که به اتهامات واهی بازداشت شده‌اند. وی با بیان اینکه متاسفانه آمریکایی‌ها به این نوع اقدامات اعتیاد پیدا کرده‌اند و به هر بهانه‌ای اقدام به گروگانگیری می‌کنند، گفت: «امیدواریم دولت جدید آمریکا از رویکرد گروگانگیری دولت ترامپ فاصله بگیرد. افراسیابی استاد شناخته ‌شده دانشگاه هستند که به اتهامات واهی بازداشت شده و این چندمین باری است که آمریکا در کشورهای مختلف با ادعاهای بی‌اساس اقدام به ایجاد مشکل برای اتباع ایرانی می‌کند و دست به گروگانگیری می‌زند.»