سخنگوی دولت با تاکید بر اینکه براساس قانون و آیین‌نامه دبیرخانه بخشی از دستگاه اداری و ستادی شورای‌عالی امنیت ملی است، تصریح کرد: به موجب قانون به واسطه رئیس شورا، دبیر مشخص می‌شود و ساختار آن به تصویب دولت می‌رسد. اما کار دبیرخانه تجمیع دیدگاه‌ها و کار کارشناسی و ارائه جمع‌بندی به رئیس شورا است. همچنین حدود اختیارات و وظایف شوراهای فرعی را قانون معین می‌کند و تشکیلات آنها را به تصویب شورای‌عالی امنیت ملی می‌رساند. ربیعی با اشاره به اینکه در زمینه بیانیه شورای‌عالی امنیت ملی چند نکته حائز‌اهمیت است، تصریح کرد: «تعدادی از اعضای اصلی و پراهمیت در این موضوع - که از دولت عضو شورای‌عالی امنیت ملی هستند - معتقدند که در فرآیند تصمیم‌سازی دبیرخانه نقشی نداشته‌اند یا دیدگاه‌های آنها در نظر گرفته نشده است. بنابراین براساس بند اعلانی دبیرخانه مصوبه شورای‌عالی امنیت ملی ظاهرا ‌باید تعامل و همکاری وزارت خارجه مراعات می‌شد.» سخنگوی دولت تاکید کرد: «آنچه که مشخص است، اینکه این بند رعایت نشده است، بنابراین شایسته بود که دبیرخانه نسبت به اجرای این بند که توسط قانونگذار رعایت نشده است اطمینان حاصل می‌کرد.» دبیرخانه شورای‌عالی امنیت ملی روز شنبه ۱۵ آذرماه، درحالی در حمایت از مصوبه برجامی مجلس بیانیه صادر کرد که حسن روحانی به‌عنوان رئیس این شورای‌عالی، اصلی‌ترین مخالف مصوبه «اقدامات راهبردی برای رفع تحریم‌ها» بوده و از بیان این مخالفت نیز خودداری نکرده است. در حالی‌که رئیس‌جمهوری به‌عنوان رئیس شورای‌عالی امنیت‌ملی روز پنج‌شنبه گذشته مصوبه یادشده مجلس یازدهم را برای فعالیت‌های دیپلماتیک ایران، «مضر» و «عجولانه» خواند، دبیرخانه شورای‌عالی امنیت‌ملی در بیانیه خود به حمایت از مصوبه مجلس پرداخت.  علی ربیعی هم دیروز در ادامه تشریح موضع دولتی‌ها درباره این بیانیه، یادآوری کرد: سنت کار در دبیرخانه شورای‌عالی همیشه این بوده که در اینگونه موارد که بنابر بر مصوبه، موضوعی به دبیرخانه ارجاع می‌شود وظیفه می‌یابد تصمیمات مهم و ارجاعی دبیرخانه را پس از تایید رئیس شورای‌عالی امنیت ملی ابلاغ کند اما رئیس‌جمهوری به‌عنوان رئیس شورای‌عالی امنیت ملی، پس از مصوبه شورای‌عالی، دیگر هیچ اطلاعی از فرآیند این ماجرا و تصمیمات دبیرخانه نداشته و وزیر‌خارجه هم می‌گوید تعاملی نداشته است. او با بیان اینکه در بررسی و تصویب این مصوبه نه‌تنها تعامل و هماهنگی صورت نگرفته بلکه امکان حضور نماینده وزارت خارجه در جلسات نیز مهیا نشده است، درباره آن بخش از بیانیه دبیرخانه شورای‌عالی امنیت ملی مبنی بر اینکه «این مصوبه زیان خاصی به مسائل ملی وارد نمی‌کند»، تصریح کرد: چطور ممکن است که دبیرخانه‌ای که وظیفه بنیادی آن تجمیع نظرات و کارشناسی تخصصی است به این اظهار نظر توجه نکرده که سازمان انرژی اتمی و وزارت امور خارجه به‌عنوان متصدیان امر طرح مجلس را به زیان منافع ملی تشخیص داده بودند؟

سخنگوی دولت ادامه داد: حرف دولت درباره این مصوبه این بود که وقتی قانونی به این مهمی بر زندگی روزمره و معیشت مردم، اقتصاد و سیاست خارجی اثر می‌گذارد، دولت باید طرف مشورت قرار می‌گرفت. ربیعی افزود: اگر این موارد مربوط به حوزه کلان ملی و امنیت کشور باشد، انتظار این بود که نظرات اعضای دولت در شورای‌عالی امنیت ملی دریافت می‌شد و در یک اجماع عمومی و با نظر کارشناسان انجام می‌گرفت. دولت به این روند تاکید داشت.