فارغ از اینها، این دو استعفا می‌تواند نشان دهنده اختلافات جدی در وزارت بهداشت بر سر سیاست‌های مرتبط با کنترل ویروس کرونا درکشورو بحران مدیریتی براین وزارتخانه در سخت‌ترین شرایط باشد. در همین حال آنچه در کنار بحران کرونا در کشور موجب این دو استعفای جنجالی شده است سخنان روز پنج‌شنبه ۲۹ آبان وزیر بهداشت در اصفهان در انتقاد از وضعیت تحقیقات سلامت کشور است.

سعید نمکی روز پنج‌شنبه در اصفهان در جلسه ستاد دانشگاهی کووید-۱۹، با انتقاد از تحقیقات پزشکی در کشور گفته بود، حتی یکی از پیش‌بینی‌های جامعه تحقیقات کشور هم درخصوص انتشار ویروس کرونا درست نبوده است. او همچنین درآن سخنان تاکید کرد: در تمام دنیا منابع را در بخش تحقیقاتی صرف می‌کنند که نتیجه آن، راهکاری برای گشودن گرهی از نظام ارائه خدمت باشد. نظام تحقیقاتی دانشگاهی کشور در این راستا چه کرده است؟ کدام مقاله را به وزیر وقت داده که اگر این کار را انجام دهی، نظام ارائه خدمت به سمت و سوی بهتری می‌رود؟ نمکی درادامه سخنانش گفته بود ۹۸ درصد از تحقیقات در نظام سلامت، صرف انتشار مقالات در فلان مجلات می‌شود که به‌کار نمی‌آید. سخنانی که به‌نظر می‌رسد زخم یک اختلاف قدیمی میان ملک‌زاده و نوبخت با وزیر بهداشت را باز کرده و در نهایت منجربه استعفای این دواز وزارت بهداشت شده است. همچنان‌که ملک‌زاده در استعفای خود به این بخش از سخنان نمکی اشاره می‌کند و آنها را بی‌پایه و اساس می‌خواند. معاون مستعفی تحقیقات و فناوری وزیر بهداشت ایران دلایل دیگر استعفای خود را «اظهارات غیرعلمی و ناشی از شتابزدگی وزیر بهداشت در مورد تولید واکسن ایرانی کرونا، و موثر بودن داروهای گیاهی» ذکر کرده است. در عین حال مجامع پزشکی همچون انجمن‌های علمی پزشکی نیز از سخنان وزیر بهداشت در اصفهان انتقاد کردند.

دراین میان استعفای ملک‌زاده و دلایل آن با واکنش‌های تندی در رسانه‌های اصولگرا مواجه شده است. همچنان‌که سایت مشرق‌نیوز در مطلبی انتقادی حتی اتهاماتی را در مورد وی مطرح کرده است. برخی از نمایندگان مجلس نیز از جمله مجید توانگرنماینده تهران با تاکید بر لزوم اعتماد مردم به وزارت بهداشت با انتقاد از استعفای دکتر ملک‌زاده معاون مستعفی وزارت بهداشت نوشت: بی‌کفایت‌ها که با جان مردم بازی کردند با استعفا نمی‌توانند از پاسخگویی فرار کنند. از سوی دیگر کیانوش جهان‌پور رئیس مرکز روابط‌عمومی وزارت بهداشت نیز پس از استعفای معاون تحقیقات این وزارتخانه در توییتی نوشت: «‌نوآوری، علم و فناوری، طب سنتی و مکمل، سلامت، مقابله مبتنی بر شواهد با کرونا، جملگی میان دولبه مقراض افراط و تفریط، نفی و انکار، خصلت‌ها و منیت‌ها گرفتار است، ‌اما بر سبیل اعتدال می‌مانیم و به یکسو کشانده نخواهیم شد،‌ در طریقت ما کافریست رنجیدن!»