میرزاملکم‌خان شیفته تمدن و فرهنگ غرب شده بود و برای اینکه این دلدادگی‌اش را به همه ایران و ایرانیان نشان داده و ایران را غربی کند، از همه ابزارها استفاده می‌کرد. وی می‌کوشید مذهب و علمای دین نیز را دستمایه نیرنگ و دورویی خود قرار دهد؛ اما این اتفاق نیفتاد... یکی از مشکلات عمده میرزاملکم‌خان در زمینه اصلاحات، مساله سازگاری دین و عالمان دینی با برنامه‌های وی بود. او به‌عنوان یک متفکر سیاسی، در بحث تناقضات تمدن غربی با دیانت، از انتقاد و جبهه‌گیری مستقیم علیه نهاد دینی و روحانیت دوری می‌کرد و چون به نفوذ روحانیت در جامعه ایرانی کاملا آگاه بود، می‌کوشید اصول ترقی غربی را با عقاید سنتی سازگار کند. میرزاملکم‌خان با تبحر و مهارت خاصی که داشت، وجود اختلافات ذاتی مابین قوانین اروپایی و اسلامی را نادیده می‌گرفت و تلاش می‌کرد واقعیت امر را در پشت پرده این ادعا که قانون چیزی جز شریعت مدون نیست، پنهان سازد و به‌ همین ‌نحو آن را از لحاظ مذهبی بی‌ضرر جلوه دهد.

او در مورد پذیرفتن اساس اصول تمدن غرب می‌گوید: منبع این اصول، اسلام است. همان افکاری که از اروپا آمده و مطرود بودند، ثابت شد که در خود اسلام نهفته‌اند و لذا باید بی‌درنگ و از روی اشتیاق مورد پذیرش قرار ‌گیرند. فعالیت‌های وی در زمینه همسان‌سازی اصول تمدن غربی با دیانت، در فراموشخانه نیز به چشم می‌خورد؛ بدین‌گونه ‌که میرزاملکم‌خان با به‌کارگیری مضامین مذهبی و گنجانیدن آنها در مراسم ورود به فراموشخانه - همچون: فلک تحقیق، شهر دانش، قاب قوسین - وانمود می‌کرد، اولا فراموشخانه محلی برای نیل به کمالات می‌باشد، ثانیا مورد توجه بسیاری از طرفداران تصوف قرار گرفته و ثالثا مشروعیت مذهبی دارد.

ملکم، برای جلب پشتیبانی مجتهدان و علما، تز نظارت مجتهدین جامع‌الشرایط را مطرح کرد تا مجتهدان با تکیه بر زمینه‌های مساعد اصولی و فقهی و اجتهادی، در مقابل آهنگ ترقیخواهی تازه، متقاعد و همسو شوند و حکومت از وجود آنها و اعتقادات مذهبی مردم در پیشبرد امور بهره‌مند شود. بدین‌صورت، طبق نظریه ملکم‌خان، مجتهدان نیز بخشی از عاملان حکومتی قرار می‌گرفتند که به آنها حق دخالت در امور قانونگذاری داده می‌شد و آنان باید به همراه کارشناسان تحصیلکرده، از اصول قوانین تدوین‌شده - اعم از دینی و مدنی - دفاع می‌کردند. وی برای اینکه مخالفانش از نام دین به ضرر خود وی سوءاستفاده نکنند، می‌نویسد: «این حرف‌ها [استفاده از مذهب در مخالفت با اصلاحات] مدت‌ها است که دیگر کهنه شده است. بی‌جهت سعی نکنید مخالفت خودتان با اصلاحات را به‌نام مجتهدین ثبت نمایید.»

البته نظریات ملکم در مورد علمای دین و نقش آنها (مبنی بر تفاوت مواضع آنها با وی درخصوص غرب، مقولات جدید و نیز درخصوص قبول تلفیق علم و عقل با دین) متفاوت است. این تضاد و دوگانگی، بیشتر به‌خاطر آن است که ملکم قصد داشت افکار ترقی‌خواهانه خود را در ایران با استفاده از قدرت علما و مجتهدین و در مواقع ضروری با توجه به جایگاه ایشان در نزد مردم پیش ببرد.

ملکم‌خان در زمینه اصلاح خط نیز مطالبی دارد. وی پس از تبعید به عثمانی، در اسلامبول به مدت ده سال شاهد اصلاحات در آنجا بود. وی در آنجا با رجال برجسته آن سرزمین، از جمله با فؤادپاشا و عالی‌پاشا آشنایی پیدا کرد و تحت‌تاثیر این افراد و نیز آخوندزاده، در زمینه تغییر الفبای فارسی و اصلاح خط رسالاتی نوشت. ملکم درباره الفبای جدید، در رساله «روشنایی» می‌نویسد: «جدایی حروف، اول‌شرط اصلاح خط خواهد بود. علائم اعراب نیز داخل کلمات می‌شود. تازگی و روح اصلاحات ما، در این است که قواعد قرائت در حین مطالعه بدون بیان خارجی خودبه‌خود مشخص می‌شوند.»

وی در مقاله «حریت» نقص الفبای عربی را مسوول عقب‌ماندگی مسلمانان از تمدن اروپایی می‌داند. وی نبود آزادی و حقوق فردی، عدم اطمینان مالی و جانی، شیوع ظلم و استبداد و فقدان عدالت و انصاف، همه را از تاثیرات اجتماعی نقص الفبا برمی‌شمارد و معتقد است بدون اصلاح خط، کسب تمدن جدید برای مسلمانان امکان‌پذیر نخواهد بود.

به‌نظر می‌رسد ملکم‌خان با طرح و بیان چنین مطالبی در مورد خط و اصلاح آن، می‌خواست به‌صورت تدریجی پایه معتقدات اسلامی را اندک‌اندک سست و واژگون سازد.

به‌طور کلی میرزاملکم‌خان را می‌توان از افراد روشنفکری دانست که جهت انجام خواسته‌ها و اهداف خود با دست‌زدن به اقداماتی چون اقتباس برخی اصول مشروطه‌ غربی - آن‌هم به‌طور پراکنده - در آثار خود، توانست توجه افراد زیادی را به‌خود جلب کند و به‌رغم محدودیت‌ها و مشکلات فراوان (نظیر: حضور شاه خودکامه و مستبد در راس حکومت، روحانیون مخالف تجددگرایی غربی و جامعه‌ای با بافت سنتی) موفق شد اندیشه‌های تجددطلبی را در ایران رسوخ دهد.