پس از ارسال نظر شورای نگهبان تا مدتی اقدامی در مورد لایحه مذکور صورت نگرفت و در این فاصله و در همین ارتباط از سوی رییس‌جمهور وقت نامه‌ای خطاب به شورای نگهبان در خصوص قانون حفاظت و توسعه صنایع ایران به تاریخ ۱۷/۷/۱۳۶۱ به شرح زیر ارسال شد:

حضرات فقهای شورای محترم نگهبان دامت برکاتهم.

قانون حفاظت و توسعه صنایع ایران مصوب شورای انقلاب جمهوری اسلامی ایران مورخ ۲۵/۴/۱۳۵۸ و لایحه قانونی متمم قانون حفاظت و توسعه صنایع ایران و آیین‌نامه اجرایی آن مصوب شورای انقلاب جمهوری اسلامی ایران مورخ ۲۵/۴/۱۳۵۹ محتاج به رسیدگی و مداقه از دیدگاه شرعی می‌باشد. نظر به ضرورت تعیین تکلیف تعداد زیادی از کارخانجات که به استناد این قانون و متمم آن دستخوش تغییرات اساسی شده و صاحبان و مدیران قبلی آنها مبادرت به شکایت نموده‌اند، خواهشمند است در اولین فرصت با بررسی مفاد این قانون و متمم آن نظریه خود را جهت اقدام مقتضی به اینجانب اعلام فرمایید.

سید علی خامنه‌ای- رییس‌جمهوری اسلامی ایران

شورای نگهبان در پاسخ ریاست‌جمهوری نظرات خود را در مورد قانون مورد سوال در تاریخ ۲۴/۷/۱۳۶۱ به این شرح اعلام داشت:

بسم‌الله الرحمن الرحیم

حضرت حجت‌الاسلام آقای سید علی خامنه‌ای

ریاست جمهوری اسلامی ایران دامت افاضاته

عطف به نامه شماره ۹۲۴۸ مورخ ۱۷/۷/۱۳۶۱:

قانون حفاظت و توسعه صنایع ایران مصوب ۱۰/۴/۵۸ شورای انقلاب اسلامی و تبصره الحاقی آن مصوب

۲۴/ ۴/ ۱۳۵۸ و قانون متمم قانون حفاظت و توسعه صنایع ایران مصوب ۲۵/۴/۱۳۵۹ شورای انقلاب و آیین‌نامه اجرایی آن و همچنین آیین‌نامه اجرایی قانون حفاظت مصوبه ۲۰/۵/۱۳۵۸ هیات دولت موقت جمهوری اسلامی ایران در جلسات رسمی فقهای شورای نگهبان مطرح و مورد بحث و بررسی قرار گرفت و به شرح زیر به اکثریت آرا اعلام رای شد:

۱ - در بند (ج) سه اشکال زیر موجود است:

الف- اگر کل بدهی از دارایی‌ خالص کارخانه و موسسه بالاتر باشد، ولی صاحب آن، با داشتن امکانات، حاضر به پرداخت بدهی خود باشد، تعلق کارخانه به دولت شرعی نمی‌باشد.

ب-در صورتی که کل بدهی از دارایی‌ خالص بالاتر باشد ولی صاحب کارخانه و موسسه به دیگران هم از جهت کارخانه و موسسه بدهکار باشد یا از جهات دیگر بدهکار شده باشد و کارخانه رهن دولت نباشد منظور نکردن حقوق سائر غرماء مخالف موازین شرعی است.

ج-سهیم شدن دولت در مالکیت کارخانه به نسبت مطالبات مردم علاوه بر مطالبات خود نیز شرعی نمی‌باشد، در صورتی که مقصود از مطالبات مردم مطالبات مستقیم مردم از کارخانه باشد نه مطالباتی که از طریق سپرده یا حساب جاری در بانک دارند.