همچنین یکی از مهم‌ترین چالش‌ها در افزایش سطح شاخص‌های آموزش زنان، موضوع تبعیض جنسیتی است که روند کاهش شکاف جنسیتی در ایران نسبت به سایر کشورها کندتر پیش می‌رود. از سال ۲۰۰۶ مجمع جهانی اقتصاد، شکاف جنسیتی را به‌عنوان یک شاخص مقایسه  میان دو جنس مطرح کرد. گزارش سال ۲۰۱۶ مجمع جهانی اقتصاد نشان می‌دهد که شکاف جنسیتی در اغلب کشورهای جهان از روند رو به رشد مناسبی برخوردار نیست. ایران در میان ۱۴۴ کشور مورد بررسی، در رتبه ۱۳۹ قرار دارد که نشان‌دهنده سرعت بسیار آهسته سیاست‌گذاری در این مسیر است. چهار عامل بهداشت، آموزش، اقتصاد و سیاست مولفه‌های بررسی شکاف جنسیتی در مجمع جهانی اقتصاد هستند. همچنین شرایط کشورمان در مقایسه با کشور‌های عربی هم از شرایط مناسبی برخوردار نیست. سیاست‌های دولت‌های نهم و دهم در جهت ایجاد برخی محدودیت‌ها در سطح آموزش عالی نشان می‌دهد شروع سهمیه‌بندی‌های جنسیتی از سال ۱۳۸۷، شرایط را برای ورود زنان به دانشگاه سخت کرده است. کارشناسان در این پرونده باشگاه اقتصاددانان روزنامه«دنیای اقتصاد» به بررسی شرایط آموزش زنان در ایران پرداخته‌اند.