به پیشنهاد سرپرست مرکز امور مناطق ویژه اقتصادی، از سال ۸۹ معاونت مناطق ویژه در مرکز امور مناطق آزاد و ویژه اقتصادی پس از طی مراحل قانونی تشکیل می‌شود. حمید بقایی در دیدار با مدیران مناطق ویژه اقتصادی با بیان اینکه این مناطق، «صددرصد اجرایی هستند و اصلا تئوریک نیستند و نمی‌خواهند که فقط حرف بزنند» تصریح کرد: مناطق ویژه اقتصادی در عین حال که مستقل از هم هستند باید در یک بسته دیده شوند و مرتب با هم در ارتباط باشند. اگر یک منطقه ویژه اقتصادی می‌خواهد هواپیما در اختیار بگیرد و یا از یک فرودگاه جنسی را وارد کند باید ابتدا ظرفیت‌های مناطق دیگر را بررسی کند و به طور مثال ببیند منطقه ویژه اقتصادی پیام چه ظرفیتی دارد؟ چقدر سود اقتصادی وجود دارد اگر به جای در اختیار گرفتن هواپیما از ظرفیت منطقه ویژه اقتصادی پیام استفاده کند و بعد اصلا ارزش دارد این کار را بکند یا نه؟

به گزارش «بنا»، بقایی رفع مشکلات صادرات مناطق ویژه را منوط به دسته‌بندی و استخراج تمام مسائل مناطق ویژه در سطح کشور دانست و گفت: اگر کارها جامعیت داشته باشند با استدلال و منطق به نتیجه می‌رسند. بقایی حضور در عرصه‌های بین‌المللی را مهم خواند و افزود: ظرفیت‌های بسیار زیادی در خارج از کشور وجود دارد و ما با حضور در نمایشگاه‌های اقتصادی بین‌المللی می‌توانیم از این ظرفیت‌ها استفاده کنیم.

وی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی را «دولتی کوچک» عنوان کرد و ادامه داد: تمام ظرفیت‌های اقتصادی در این مناطق وجود دارند و خودشان به تنهایی یک دولت هستند.