شاگرد خلف پدر
سرانجام در اول خرداد۱۳۴۷ سندیکای شرکت‌های توزیع گاز مایع تاسیس شد. تاسیس این شرکت‌ها، زمینه را برای شکل‌گیری شرکت ملی گاز ایران فراهم کرد (سال۱۳۴۸) و به‌‌‌‌‌‌‌‌تدریج، تعداد شرکت‌ها افزایش یافت و در بهمن۱۳۵۲ به ۲۱ شرکت رسید. فعالیت آنان، مصرف‌کنندگان بیشتری را تحت‌‌‌‌‌‌‌‌پوشش قرار داد. در سال۱۳۵۵ برای اولین‌بار، انتقال گاز مایع پالایشگاه از طریق راه‌آهن موردتوجه سندیکای توزیعکنندگان قرارگرفت. به‌دنبال آن، هشت دستگاه واگن مخزن‌‌‌‌‌‌‌‌دار فرانسوی به شرکت بوتان و هفت دستگاه به ایران گاز اختصاص یافت. مدیریت شرکت تا تیرماه ۱۳۵۳ با محمود خلیلی بود. از آنجا که وی در سال‌های آخر عمرش بیمار بود، نقش محسن خلیلی پررنگ‌تر می‌شد. این شرکت روند صعودی خود را تا بهمن ۱۳۵۷ حفظ کرد. طی چهار سال‌‌‌‌‌‌‌‌شرکت‌های راف (سال ۱۳۵۳)، پیوند (۱۳۵۴)، کولرگازی ایران و مرکز آموزش بوتان (۱۳۵۵) و رگولاتورسازی (۱۳۵۶) تاسیس و به مجموعه بوتان اضافه شدند.
هدف این شرکت آن بود که بتواند نیازمندی‌های هتل‌‌‌‌‌‌‌‌ها، بیمارستان‌ها، پادگان‌های نظامی و مراکز بزرگ صنعتی برای تهیه غذا در مقیاس بالا را تامین کند. این شرکت پس از انقلاب و جنگ با وجود ۷۵متخصص مهندس و کارگر تعطیل شد. با افزایش تولید و تنوع کالا، وابستگی به خارج نیز کاهش یافت؛ به‌عنوان مثال در سال۱۳۶۳ اغلب قطعات آبگرمکن بوتان از خارج تامین می‌شد؛ ولی این رقم در سال۱۳۸۳ به ۵درصد رسید. بر همین اساس، تولید نیروی انسانی سرمایه و ظرفیت فنی این شرکت نیز افزایش یافت. تولید مخزن دو کیلویی (معروف به پیک‌نیک) همراه با سیلندر ۱۱ کیلویی در سال‌های پس از ۱۳۶۰ به بیش از یک‌میلیون و دویست‌هزار عدد رسید‌که بزرگ‌ترین رقم تولید این محصول در منطقه بود. در بسیاری از شرکت‌های خانوادگی پس از فوت بنیان‌گذار شرکت‌ها، تفاوت دیدگاه‌‌‌‌‌‌‌‌ها و تضاد منافع رخ می‌دهد. تداوم و توسعه فعالیت به‌صورت جمعی برای شرکت‌هایی وجود دارد که یکی از اعضای مقتدر خانواده را به‌عنوان مدیر می‌‌‌‌‌‌‌‌پذیرند و چه‌بسا شرکت‌هایی که پس از فوت موسسانش با فاصله کمی فروخته می‌‌‌‌‌‌‌‌شوند؛ یا به علت اختلاف وارثان فرومی‌‌‌‌‌‌‌‌پاشند، اما خانواده خلیلی بخت آن را داشتند که وحدت خانوادگی را پس از فوت وی حفظ کنند و با پذیرش ریاست محسن خلیلی فعالیت بوتان را منسجم نگاه دارند؛ به‌گونه‌ای که در برنامه‌های شرکت اختلالی رخ ندهد. برهمین اساس در چهار سال- تا سال۱۳۵۷ - پنج شرکت تولیدی و آموزشی به بوتان اضافه شد. در سال۱۳۵۷ سه شرکت بزرگ بوتان‌گاز، پرسیگاز و ایرانگاز هر یک تقریبا ۲۵درصد از بازار گاز مایع ایران را در دست داشتند. ۲۷شرکت دیگر که کوچک‌تر بودند، جمعا ۲۵درصد بازار را در اختیار داشتند. در سال۱۳۵۸ دو شرکت پرسیگاز و ایرانگاز - با سهم ۵۰درصد - تحت‌کنترل دولت درآمدند. سندیکای کارگری و شورای‌اسلامی در فضای انقلابی و تحریک گروه‌های سیاسی تمایل زیادی به مصادره شرکت، توسط دولت داشتند.
در دهه‌شصت آیت‌الله موسوی اردبیلی رئیس قوه‌قضائیه حکمی صادر کرد که بر اساس آن، ۲۰درصد سهام شرکت بوتان به‌عنوان خمس مصادره شود. این حکم با مراجعه چندین‌‌‌‌‌‌‌‌ساله و پی‌درپی به دادگاه سرانجام لغو شد. شرکت در این زمان ۱۵۰۰ پرسنل داشت. شوراها با مکانیزه‌کردن سیستم‌‌‌‌‌‌‌‌ها توسعه مراکز سلیندر پرکنی و ایجاد دپو در مراکز شهرها مخالف بودند؛ آنها تصور می‌کردند این کار به‌منظور اخراج پرسنل، صورت می‌گیرد. مخالفت با دپو به‌دلیل عدم‌تمرکز کارگران بود. علاوه‌بر خانواده خلیلی، سازمان گسترش مالکیت واحدهای تولیدی و شرکت سرمایه‌گذاری ملی از سهامداران بوتان بودند. شوراها در فرآیند مدیریت و تولید شرکت، مشکلاتی پدید آوردند؛ برای همین مسوولان وزارت کار در تابستان ۱۳۶۴ آنها را منحل کردند. کارکنان شورا نیز از سوی مدیریت بوتان اخراج شدند. پس از مدتی یکی از افراد ذی‌نفوذ شورا به نمایندگی از سازمان مالی گسترش مالکیت به شرکت بازگشت؛ اما شرکت با عضویت وی در هیات‌مدیره مخالفت کرد. همین مخالفت برای مدیران بوتان در دادگاه معضلات حقوقی ایجاد کرد، شرکت‌های دولتی در اعتراض به‌‌‌‌‌‌‌‌عدم‌پذیرش آن فرد به اعمال محدودیت و کاهش سهمیه بوتان اقدام‌کردند. کم‌کم شرکت مشمول تعزیر حکومتی و جریمه‌‌‌‌‌‌‌‌های نقدی شد و مدیریت آن، درگیر امور حاشیه‌‌‌‌‌‌‌‌ای شد تا اینکه این امور به زندانی‌شدن مدیرعامل منتهی شد، پس از مدتی همین فرد اخراجی به‌عنوان قائم‌مقام مدیرعامل پرسی گاز، تعیین شد. این‌گونه تنش‌ها اثرات خود را در سندیکای توزیعکنندگان گذاشت و موجب تضعیف و تخریب بوتان از سوی برخی شرکت‌های دولتی رقیب شد. در اواخر سال۱۳۶۶ هیات قضایی فرمان امام که بعدها به ستاد اجرایی تغییر نام یافت، افرادی را به عضویت هیات‌مدیره بوتان منصوب کرد.
با کنترل قیمت گاز از سوی دولت و افزایش هزینه‌های شرکت، زیان‌های مستمر سالانه بوتان افزایش یافت؛ در نتیجه این شرکت برای تداوم فعالیت و افزایش سرمایه برخی از دارایی‌های ثابت خود را فروخت. با وقوع جنگ و بمباران آبادان و ماهشهر، تولید گاز منحصر به پالایشگاه شیراز، تهران و تبریز شد، همچنین بر اثر بمباران خرمشهر و اهواز تاسیسات بوتان تخریب و بعدا بازسازی شد. در این دوران کمبود گاز اختلال در توزیع آن و دخالت استانداری‌‌‌‌‌‌‌‌ها مشکلات متعددی را برای شرکت‌ها فراهم آورد. شرکت بوتان ۴۶ سهامدار داشت. هفده نفرشان از فرزندان سهامداران اولیه بودند. آنها با سه سرپرست دیگر صاحب ۳۴.۳درصد سهام بودند که در اواسط سال‌های شصت برای کار و تحصیل به خارج از کشور رفته بودند، به همین دلیل شکایتی علیه آنها در دادسرا مطرح شد.
این پرونده از سال۱۳۵۸ تا ۱۸ تیر ۱۳۸۲ از سوی ستاد اجرایی فرمان امام و دادسرا مرتبا پیگیری می‌شد و مدیران شرکت بوتان برای ادای توضیحات متعدد از قبیل وابستگی به دربار، عدم‌پرداخت وجوهات شرعیه، فرار از پرداخت مالیات به دلیل زیانده بودن و مسائل دیگر، بارها به دادگاه احضار شدند تا اینکه سرانجام پس از بیش از۲۰ سال حکم به برائت شرکت بوتان از موارد اتهامی صادر شد. همین پرونده همراه با مسائلی از قبیل عدم‌رعایت نرخ فروش گاز مایع از سوی مدیران و رانندگان، کمبود عرضه، اخذ وجه برای تعویض سیلندر و... مدت‌های زیادی از وقت خلیلی و مدیران منطقه‌ای را گرفت و او را درگیر مشکلاتی از قبیل مراجعات مکرر به دادگاه، دخالت سازمان‌های متعدد به بهانه کنترل و بازرسی در کار شرکت، تهیه لوایح حقوقی برای دادسرا، اداره اماکن، اداره تعزیرات، ستاد مبارزه با گران‌فروشی، پاسخ وکیل شرکت به دادگاه دستگیری مدیران، استعفای برخی از مدیران به علت شرایط پرتنش
حقوقی، رفتن پیش‌روحانیون ذی نفوذ برای حل مساله کرد.
در بعضی موارد احکامی مثل پرداخت جریمه نقدی، تبعید و زندان در مورد وی صادر می‌شد.
