اگرچه پیام‌های واتس‌اپ از سال ۲۰۱۶ رمزنگاری شده‌اند اما این اپلیکیشن، رمزنگاری سر‌به‌سر را برای فایل‌های پشتیبان که به ‌آی‌کلود یا گوگل‌درایو متکی هستند، ارائه نکرده بود. اما با جدیدترین به‌روزرسانی، کاربران قادر خواهند بود گزینه رمزنگاری سر‌به‌سر برای فایل‌های پشتیبان را پیش از پشتیبان‌گیری در سرویس ذخیره‌سازی ابری خود انتخاب کنند. واتس‌اپ اعلام کرد کاربران می‌توانند تا چند هفته دیگر این به‌روزرسانی را دریافت کنند.

واتس‌اپ در یک پست وبلاگ اعلام کرد هنگامی که رمزنگاری سر‌به‌سر فعال شود، نه واتس‌اپ و نه فراهم‌کننده خدمات پشتیبان‌گیری قادر به‌دسترسی به‌فایل‌های پشتیبان نخواهند بود. فایل‌های پشتیبان با کلید رمزنگاری که به‌صورت رندوم و منحصر تولید می‌شود، رمزنگاری می‌شوند. کاربران دو گزینه خواهند داشت: می‌توانند به‌صورت دستی کلید ۶۴ رقمی را ذخیره کنند یا کلمه عبوری تنظیم کنند که می‌تواند برای دسترسی به‌کلید استفاده شود.اگرچه این قابلیت فایل‌های پشتیبان را ایمن‌تر می‌کند اما چند مورد وجود دارد که باید به‌خاطر سپرد. نخست اینکه اگر کاربر کلید رمزنگاری ۶۴ رقمی را از دست دهد، هیچ راهی برای بازیابی فایل پشتیبان خود نخواهد داشت. همچنین اگرچه واتس‌اپ اخیرا قابلیت پشتیبانی از چند دستگاه را اعلام کرده اما کاربران فایل پشتیبان رمزنگاری شده را تنها می‌توانند در دستگاه اصلی خود ایجاد کنند.بر اساس گزارش انگجت، همچنین رمزنگاری سربه‌سر تضمین نمی‌کند که گفت‌وگو‌های کاربران هرگز به‌شیو‌ای که تمایلی به‌آن ندارند، استفاده نشود. وب‌سایت پروپابلیکا اخیرا گزارش طولانی درباره استفاده واتس‌اپ از ناظران انسانی منتشر کرده که به‌بازبینی گفت‌وگو‌هایی می‌پردازند که از سوی کاربران واتس‌اپ گزارش شده‌اند. پیشتر وب‌سایت اینفورمیشن گزارش کرده بود فیس‌بوک ممکن است سرگرم تحقیقات درباره هوش مصنوعی باشد که روزی بتواند بر اساس پیام‌های رمزنگاری‌شده برای کاربران تبلیغات نمایش دهد. البته مدیر واتس‌اپ دنبال‌کردن این فناوری از سوی این سرویس پیام‌رسان را تکذیب کرده است. اگرچه هیچ‌کدام از این موارد امنیت فراهم‌شده توسط رمزنگاری را نمی‌شکنند اما یادآور خوبی است که حریم خصوصی جدی گرفته شود و کاربران به‌وجود رمزنگاری سر به‌سر دلخوش نباشند.