مشکلات موجود در ساختار بودجه معلول مشکلات پیدا و پنهان نظام بروکراتیک و شاکله دولتی است و هرگونه تلاش برای برطرف کردن این چالش‌ها بدون حل معضلات نظام اقتصادی مرتبط با نقش و جایگاه دولت‌ها بی‌ثمر خواهد بود. مسعود نیلی، استاد دانشگاه و مدیر گروه اقتصاد دانشگاه شریف، در گفت‌وگو با ایسنا اظهار کرد: به طور قطع مشکلات فراوانی مانند نبود شفافیت لازم، نبود ارتباط کافی بین نظام بودجه‌ریزی و نظام برنامه‌ریزی در ساختار تدوین بودجه وجود دارد، ولی بررسی‌های کارشناسانه صورت گرفته در مورد روند تدوین بودجه نشان می‌دهد با وجود چنین مشکلات درون ساختاری، عمده مشکلات بودجه کشور از بیرون به آن تحمیل می‌شود. وی افزود: بودجه سالانه به عنوان سند مالی کشور آیینه تمام نمای ساختار دولت است و تصویر ریالی نظام اداری و تصمیم‌گیری دولت در این سند انعکاس می‌یابد، بنابراین پیش از هرگونه تغییر در ساختار و نحوه تدوین بودجه باید به این واقعیت توجه کرد که حل مشکلات بودجه در گرو اصلاح ساختار بیرونی بودجه به عنوان عامل اصلی و علت‌العلل نارسایی‌های نظام تدوین بودجه است. نیلی، حضور حداکثری دولت در حوزه اقتصاد و آشفتگی نظام مدیریتی را از جمله مشکلات بیرونی بودجه عنوان کرد و افزود: همچنین ردیف‌های متعدد بودجه، بودجه حجیم، نبود شفافیت و نظارت گریزی از جمله مشکلات ساختاری مهمی است که باید آنها را تصویر ریالی ساختار معیوب اقتصادی دانست و با در نظر گرفتن چنین واقعیتی است که حل مشکلات بودجه نویسی در ایران محدود به حذف تبصره‌ها، ادغام ردیف‌های بودجه‌ای و لاغرکردن بودجه نمی‌شود.

وی گفت: با داشتن اقتصاد دولتی و دولت‌زده که ناشی از حضور مالکیتی دولت در حوزه اقتصاد و دخالت فراوان آن در این بخش است، نمی‌توانیم بودجه‌ای با ردیف‌های کم داشته باشیم، چرا که تمام فعالیت‌ها و وظایف فراوان دستگاه‌های دولتی به صورت طبیعی و قانونی نیازمند ردیف‌های بودجه‌ای است، در نتیجه چنین روابطی، همان‌گونه که نمی‌توان از حجم دولت برآورد دقیقی داشت، بهره‌وری، هزینه‌ها و ردیف‌های بودجه نیز در هزارتوی بودجه حجیم گم می‌شود.

به عقیده نیلی که از تدوین‌کنندگان برنامه‌های اول و سوم توسعه است، اصلاح نظام بودجه‌ریزی در کشور محقق نمی‌شود، مگر اینکه تعریف درستی از نقش دولت در اقتصاد داشته باشیم و فقط در چنین صورتی شاهد انعکاس این تعریف در قالب ساده‌سازی و شفاف‌سازی در نظام تدوین بودجه خواهیم بود و اشکال اساسی آن است که همزمان با فربه شدن دولت، سند بودجه این چنین کم حجم می‌شود و این دو با یکدیگر در تضادند. نیلی در تحلیل تغییرات ایجاد شده در بودجه سال ۸۷ گفت: با فرض پذیرش این تحلیل که مشکل بودجه ناشی از نارسایی ساختاری درون بودجه‌ای است، این سوال مطرح می‌شود که حذف تبصره‌های بودجه چه پیامدهایی دارد؟ اولین و مهم‌ترین نکته‌ای که در این زمینه به نظر می‌رسد، این است که در جداول بودجه، اعدادی وجود دارد و برای هر کدام از این اعداد، احکامی وجود دارد که چگونگی تامین و هزینه آنها را مشخص کرده است. بنابراین باید دید با حذف این احکام تبصره‌ای، اعداد این جداول چگونه تعیین تکلیف می‌شود؟ مسلم این است که اگر همین احکام را به قانون تبدیل کنیم، بودجه صلب می‌شود، ولی در صورتی که نه قانون دائمی باشد و نه در قالب تبصره، قطعا ابهام و سردرگمی به وجود می‌آورد.