مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی نظر کارشناسی خود را در مورد ساختار حقوقی بودجه اعلام کرد. به گزارش ایسنا، دفتر مطالعات برنامه و بودجه مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی با تشریح مغایرت‌های ساختار لایحه بودجه ۱۳۸۸ کل کشور با قوانین موجود افزود: دولت در لایحه بودجه ۸۸ همانند لایحه بودجه سال ۱۳۸۷، تنها ۳۹ دستگاه را به عنوان دستگاه اجرایی اصلی به رسمیت شناخته و اعتبارات سایر دستگاه‌ها را ذیل این ۳۹ دستگاه تجمیع کرده است که این موضوع به رغم اصلاح لایحه بودجه سال ۱۳۸۷ در مجلس و افزایش دستگاه‌های دارای ردیف از ۳۹ به ۲۶۲ دستگاه در قانون بودجه ۱۳۸۷ بوده است در حالی که اقدام انجام شده در لایحه بودجه سال ۱۳۸۸ (همانند لایحه بودجه سال ۱۳۸۷ بودن آن) و درج برنامه‌ها و دستگاه‌ها صرفا ذیل ۳۹ دستگاه با برخی قوانین موضوعه کشور و برخی اصول قانون اساسی مغایرت دارد. به علاوه اصلی و فرعی کردن دستگاه‌های اجرایی و در برخی موارد چیدمان سلیقه‌ای برخی دستگاه‌های ذیل دستگاه‌های دیگر مغایر با قوانین تاسیس آنها و به نوعی ابطال مصوبات مجلس شورای اسلامی است، زیرا تغییر وابستگی دستگاه‌هایی که تاسیس آنها به تصویب مجلس شورای اسلامی رسیده، نیازمند قانون است. مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی در پایان افزود: چارچوب پیشنهادی دولت در لایحه ۱۳۸۸، مغایر قوانین بوده و فرآیند پیش‌بینی شده در قانون را برای تهیه، بررسی، تصویب، اجرا و نظارت غیر قابل اجرا کرده و اجرای بودجه حسب سلیقه مسوولان اجرایی و با تهیه دستورالعمل‌های داخلی انجام خواهد شد و لذا پیشنهاد می‌شود اصلاحات به عمل آمده در لایحه بودجه سال ۱۳۸۷ در لایحه بودجه سال ۱۳۸۸ نیز اعمال شوند.