وقوع فساد از هر نوع ممکن، فارغ از اینکه در کدام یک از ارکان اقتصادی رخ دهد موجب زیر سوال رفتن و تزلزل در آن بخش خواهد شد. مشکلی که بسته به میزان اهمیت آن نهاد، تبعات مختلفی در بر خواهد داشت. گمرک به سبب قرار گرفتن در نقطه اتصال به تجارت جهانی و تعریف شدن به‌عنوان دروازه تبادلات بین‌المللی، از جمله سازمان‌های مهمی است که صحت و دقت در آن نقش مهمی در درآمد‌های دولت ایفا خواهد کرد.تلاش دولت در سال‌های اخیر با اجرای سامانه جامع گمرکی و نیز برنامه‌ریزی برای کاهش طبقات گمرکی، از جمله اقداماتی است که تا حدودی توانسته است موجب افزایش نظم و سرعت در روند واردات و صادرات کالا شود. ضمن اینکه زمینه‌های فساد را نیز تا حدود زیادی مسدود کرده است. در این زمینه می‌توان به آمار افزایش درآمدهای گمرکی طی سال‌های اخیر اشاره کرد. به هر صورت کاهش مراودات انسانی، از جمله اصولی است که امروزه برای به حداقل رساندن زمینه‌های فساد، لازم دانسته می‌شود و گمرگ ایران توانسته از این تجربه جهانی استفاده کند.

به‌رغم اقدامات مثبت صورت‌گرفته، همچنان مشکلات متعددی نظیر نبود شفافیت در برخی قوانین، کثرت مبادی گمرکی در کنار عدم بهره‌گیری از فناوری‌های نوین و استفاده بیشتر از تکنولوژی‌های ارتباطی از جمله مشکلاتی است که کارشناسان این حوزه بر آن تاکید دارند و وجود ضعف در این خصوص را یادآور می‌شوند. مواردی که امکان نظارت نهاد‌های بالادستی را نیز افزایش می‌دهد و ریسک تخلف را برای طرفین بالا می‌برد.باید به این مساله عنایت داشت که قوانین این بخش اثر مستقیمی بر صنایع داخل کشور دارد و هرگونه تغییری در این مقررات می‌تواند در تضاد با منافع گروهی باشد. تضاد در منافعی که ممکن است از طریق اعمال فشار یا روابط خارج از عرف صورت گیرد و نوعی فساد ساختاری را پدید آورد. مواردی که ممکن است در بالا بودن تعرفه برخی طبقات گمرکی، نمونه‌هایی از آن را مشاهده کرد. مساله آمار نگران‌کننده قاچاق کالا بی‌شک معلول نبود نظارت کافی و قوانین محدود‌کننده‌ای است که انگیزه برای تخلف را در اختیار افراد یا سازمانی قرار می‌دهد.وسعت اثرگذاری این سازمان و تعدد افراد دخیل در این مساله، لزوم توجه بیشتر تصمیم گیرندگان و استفاده از نظر صاحب‌نظران این حوزه را دو چندان می‌کند.باشگاه اقتصاددانان در پرونده امروز خود به ابعاد مختلف فساد در گمرک و راهکارهای مقابله با آن پرداخته است.