نهادی که بخواهد مدیریت و سیاستگذاری نزدیک به ۱۰۰ منطقه آزاد و ویژه اقتصادی را انجام دهد نیازمند ساختار و مدیریتی کارآمد و البته چابک به لحاظ سازمانی است. آنچه مسلم است دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد چه اینکه ذیل وزارت امور اقتصادی و دارایی قرار گیرد و چه اینکه زیر‌مجموعه نهاد ریاست‌جمهوری قرار بگیرد، با ساختار فعلی که حتی امکان انتشار گزارش‌های عملکردی و آماری شفاف به صورت دوره‌ای و مبتنی بر طبقه‌بندی‌های علمی در خصوص مناطق آزاد و ویژه را ندارد، از کارآمدی لازم برخوردار نیست. اصولا اصرار سیاستگذار اقتصادی و قانون‌گذار بر اینکه مدیریت مناطق آزاد حتما باید به صورت دبیرخانه‌ای باشد حداقل در اندازه و ابعاد مناطق آزاد و ویژه اقتصادی فعلی قطعا اثربخش و کارآمد نیست. اینکه این مناطق به صورت دبیرخانه‌ای اداره شوند و دبیر مناطق آزاد و ویژه اقتصادی به عنوان عضو شورای عالی، مسوول هماهنگی و سیاستگذاری و اجرای ماده (۴) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد باشد، دست‌کم بعد از سال ۱۴۰۰ دیگر نمی‌تواند اهداف مد‌نظر ماده (۱) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد و ویژه اقتصادی را محقق کند.

دولت چهاردهم ضمن اینکه لازم است  قانون چگونگی اداره مناطق آزاد را اصلاح ‌کند باید نهادی را تاسیس کند (منظور بازنگری در ساختار فعلی دبیرخانه) که بتواند اهداف مدنظر قانون‌گذار را عملیاتی کند. نهادی که جهت مدیریت مناطق آزاد و ویژه اقتصادی تاسیس می‌شود الزاما باید با ماموریت‌ها و اهداف تعریف‌شده برای مناطق آزاد در قانون اصلاح‌شده مطابقت و هماهنگی داشته باشد. مناطق آزاد و ویژه برای اینکه در مسیر درست قرار گیرند باید به سمت اهداف و وظایف تخصصی حرکت کنند، در غیر این صورت انتظار سیاستگذار از این مناطق محقق نخواهد شد، کمااینکه تاکنون نیز محقق نشده است و این مناطق در رسیدن به ماموریت‌های اصلی خود ناکام مانده‌اند. اصولا جایگاه و ساختار مدیریتی حاکم بر مناطق آزاد و ویژه ارتباط مستقیمی با این مطلب دارد که سیاستگذار از مناطق آزاد و ویژه چه انتظاری دارد. مناطق آزاد موفق در دنیا تخصصی و متمرکز بر وظایف اقتصادی اداره می‌شوند درحالی‌که مناطق آزادی که قبل از سال ۱۴۰۰ تاسیس شده‌اند مانند شرکت‌های عمران و با وظایف توسعه منطقه‌ای عمل می‌کنند و وظایفی فراتر از حیطه تخصصی خود بر عهده دارند که باعث افزایش هزینه و ناکارآمدی در مدیریت و اداره این مناطق شده است.

در پایان پیشنهاد می‌شود در دولت جدید جهت انجام یک اقدام رو به جلو، ساختار دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد و ویژه هم‌زمان با اصلاح قانون مناطق آزاد و متناسب با ماموریت‌ها و اهداف جدید مورد بازنگری قرار گیرد و اداره این مناطق از حالت دبیرخانه‌‌ای خارج شود و تحت مدیریت سازمانی با ساختار و وظایف مدون و تعریف‌شده و متناسب با تعداد کمی و گستره جغرافیایی مناطق آزاد و ویژه در کشور باشد.