با توجه به نقض قانون مربوط به حقوق گمرکی که توسط شرکت صورت گرفته است، اداره گمرکات ایران حق داشته است که تمامی کالاهای وارد شده از طرف شرکت نفت را به دقت مورد بررسی قرار دهد و به هر گونه کالاهای وارداتی با دید شک و تردید بنگرد تا شرکت نفت نتواند از ماده هفت امتیازنامه دارسی هرگونه برداشتی بنماید. مساله کشتیرانی در کارون و ورود قایق‌های شرکت نفت بدون ادای حقوق گمرکی از دیگر مباحث اختلاف نظر بین گمرکات و شرکت نفت ایران و انگلیس بود. رییس گمرکات اعتراض خود را به ورود این قایق‌های کوچک شرکت نفت به وزارت خارجه نوشته و آورده است: «طهران عرض جواب نمره ۵۷ توسط جناب آقای بدیعه نگار مقام منیع وزارت جلیله امور خارجه، تلگراف مبارک دیروز زیارت شد در خصوص تاکس و گمرک کشتی کوچک لانچ تاکنون دو مرتبه عرض مراتب گردید، چیزی‌که خیلی از آن بیشتر جالب دقت است این است که کمپانی نفت یک کشتی و سه دوبه خودش را نیز که فوق‌العاده است بدون ادای وجه و حقوق گمرکی از گمرک مرخص کرده و با آنهمه اظهارات و اقدامات کارگزاری به خلاف قاعده و بدون اجازه وزارت جلیله دوبه‌ها را به همراهی قونسول در کارون علیا که مخصوص سفاین داخله است عبور داده و به کار انداخته است و در حقیقت هم حق گمرکی را تضییع و هم به حقوق عمومی تجاوز نموده به هر جهت اسباب دردسر فراهم آورده‌اند.»

گمرکات مناطق نفت خیز فقط به گمرک خرمشهر (محمره) محدود نمی‌شد. شرکت نفت با توجه به گسترش فعالیت‌های خود در زمینه ورود کالا به آبادان که پالایشگاه نفت در آن جا تاسیس شده بود و صادرات نفت نیز از آن بندر صورت می‌گرفت، دولت ایران را واداشت گمرکخانه‌ای در آبادان و در زمین مربوط به شرکت نفت تاسیس کند. لزوم ایجاد این گمرکخانه یا نمایندگی از سوی گمرک خرمشهر در آبادان همواره در مکاتبات مسوولان به چشم می‌خورد که از جمله در گزارشی که کارگزاران خوزستان در ۷ محرم ۱۳۲۸ نوشته آمده است: «در محل موسوم به (بریم) واقعه در جزیره عبادان محمره که کمپانی فقط شروع به پاره تدارکات و عملیات نمود و بعضی آهن‌آلات پیاده کرده است. مامور گمرک در آنجا موقتی بوده است و هر وقت خبر شوند یا خودشان خبر بدهند که می‌خواهند چیزی پیاده نمایند فقط در آن موقع می‌روند، ولی عقیده کارگزاری و گمرک هر دو این است اگر مقرر می‌فرمودند دائما در آنجا ماموری می‌گذاشتند بهتر بود و از خیلی احتمالات و محاذیر جلوگیری می‌نمود، زیرا (بریم) کنار رود و دور دست است و گذاردن مامور مناسبی همراه با دو سه تفنگچی و مستحفظ آنقدر خرجی ندارد لیکن شکی نیست که باید مامور این درست کاری باشد و رییس گمرک و حکومت و کارگذاری نیز اغلب سرکشی نماید....»

براساس همین برداشت و لزوم وجود یک گمرک خانه در آبادان، اقدام به تاسیس گمرکخانه در این شهر گردید. در نامه‌ای که به وزارت فوائد عامه نوشته شد و مربوط به ۲۲ ژوئن ۱۹۱۳ میلادی می‌باشد این موضوع به خوبی تشریح گردیده است در این نامه آمده است: «.... دو سال متجاوز است که گمرکخانه برای سهولت کار در عبادان دایر کرده‌اند و در خود آن یک میل مربع زمینی که متعلق به کمپانی نفط است کشتی‌هایی که برای کمپانی اسباب حمل می‌نمایند دیگر مجبور نیستند به محمره به گمرکخانه بروند - در عبادان از طرف گمرک خانه مامور هست که در آنجا تفتیش خود را به عمل بیاورد با آن رییس گمرک دستورالعمل داده شد که در آن گمرکخانه، پستخانه هم دایر کنند با این که در زمین کمپانی است و حق دارند در صورتی که میل نداشته باشند ممانعت نمایند و بنای گمرکخانه هم بر حسب اجازه خود کمپانی بود.»

مطالب این سند به خوبی چرایی لزوم ایجاد یک گمرکخانه در آبادان را تشریح می‌کند و نشان می‌دهد که میزان مسافت طی شده بین گمرک خرمشهر و آبادان یکی از دلایل مهم تاسیس این گمرکخانه بوده است و گوشه‌ای از اختلافات گمرکی بین شرکت نفت ایران و انگلیس و دولت ایران را نشان می‌دهد.

در مورد در اختیار داشتن گمرک خرمشهر به وسیله شیخ خزعل یا دولت ایران نیز مباحثات زیادی صورت گرفت که با وساطت انگلیسی‌ها و مباحثی که شیخ خزعل مطرح کرد، دولت ایران به شرط تابعیت بیشتر شیخ خزعل از دولت ایران گمرکات خرمشهر را به شیخ خزعل واگذار کرد.

در یک ارزیابی کلی می‌توان گفت که مسائل مربوط به گمرکات و چگونگی ورود کالاهای شرکت نفت ایران و انگلیس به ایران بدون ادای حقوق گمرکی از مباحث بحث‌برانگیز تاریخ اقتصادی مناطق نفت‌خیز جنوب ایران بوده است و با توجه به اوضاع سیاسی ایران و نفوذ بی‌چون و چرای شیخ خزعل در آبادان و خوزستان خواسته و ناخواسته این مسائل تحت تاثیر مسائل سیاسی قرار می‌گرفت و علاوه بر شرکت نفت ایران و انگلیس شرکت‌های آلمانی ونک هاوس و شرکت‌های روسی در زمینه راه نیز فعال بودند و آنها نیز خواستار برخورداری از حقوق گمرکی ویژه بودند. اما در این ارتباط شرکت نفت ایران و انگلیس با توجه به گسترش عملیات خود به ویژه از سال ۱۹۰۸ یک استثنا بود و سعی و تلاش ماموران محلی انگلیس به ویژه آرنولد ویلسون و دیگران این بود که بدون مراجعه به سفارت انگلیس مشکلات گمرکی مابین شرکت نفت و مسوولان محلی گمرک که زیر نظر دولت ایران بودند را حل نمایند و انگلیسی‌هایی که در شرکت نفت کار می‌کردند و مسوول بخش‌هایی از شرکت نفت بودند، ارائه شکایت شرکت نفت در مورد عدم پرداخت عوارض گمرکی طبق ماده هفت امتیازنامه دارسی را به سفارت انگلیس در تهران نوعی وقت‌کشی می‌دانست و پی برده بودند که مکاتبات اداری کمتر می‌تواند مسائل مالی مربوط به گمرکات را حل ‌کند. و اسناد و مباحث صورت گرفته و این نوشتار در مورد مسائل و مشکلات گمرکات با شرکت نفت ایران و انگلیس تنها گوشه‌ای از این اختلافات بوده است که مدارک آن موجود است و ممکن است بسیاری از کالاها به صورت قاچاق وارد مناطق نفت‌خیز می‌شده است که ما اسنادی از آن را در اختیار نداریم و نوعی اقتصاد پنهان را در آن زمان به وجود می‌آورده است که تعداد زیادی از نیروی انسانی از آن طریق امرار معاش می‌کردند.

منبع: مرکز اسناد مجلس شورای اسلامی