از موارد اختلاف شرکت نفت ایران و انگلیس و دولت، مباحث گمرکی بود. بنا به قرارداد دارسی، واردات همه کالاهایی که به فعالیت‌های شرکت مربوط بود، از پرداخت حقوق گمرکی معاف بود، ولی شرکت نفت از این امتیاز سوءاستفاده می‌کرد و کالاهای دیگری نیز وارد می‌کرد. ***

علاوه بر مواد محترقه، ورود کالاهایی چون وسایل خانه و لوازم اداری نیز برای شرکت همراه با مباحثات فراوان بوده است و همواره در این زمینه بین شرکت نفت و گمرکات اختلافاتی وجود داشته است؛ از جمله در گزارشی که به اداره مرکزی گمرکات در این زمینه داده شده آمده است «در ضمن مراسله نمره (۹۵۸۹) در باب اختلافات حاصله مابین کمپانی‌ معادن نفت به اداره گمرکات از شرحی که اشعار داشته بودند اطلاع حاصل شد... و رجوع به امتیازنامه کمپانی مزبور شد در فصل راجع به این اسباب و آلات لازمه را برای تفتیش و تفحص استخراج معادن و بسط آن‌ها و تاسیس لوله‌ها در وقت ورود به ایران از ادای حقوق گمرکی معاف کرده‌اند و یقین است خود آن اداره هم در موقع فصول و مندرجات امتیازنامه را مدنظر دارد و استنباط تکلیف می‌نماید و در مدلول این فصل چندان ابهامی نیست که باعث تعطیلی کار بشود و در این صورت مطابق مدلول فصل راجع به این کار اثاث‌البیتی و ملزومات دفتری از حقوق گمرکی معاف نیست و باید وجوه گمرکی از کمپانی دریافت دارد کلیه آنچه را راجع به مدلول فصل مزبور است باید از گمرک معاف باشد و آنچه را که از مدلول آن فصل خارج است حقوق گمرکی باید دریافت شود تمییز و تفکیک این فقره هم برای اجزای اداره گمرک اشکالی ندارد.»

طبق این سند به خوبی نشان داده می‌شود که مسوولان گمرکات ایران به دقت اوضاع را زیر نظر داشتند و ممکن بود که افراد شرکت نفت ایران و انگلیس در قبال مربوط به شرکت وسایلی نیز برای فروش وارد ایران می‌کردند که بدون گمرکی وارد کشور می‌گردید لذا مسوولان گمرکات با تیزبینی بیشتر کالاهای وارداتی را مورد بررسی قرار می‌دادند.در جای دیگر نیز طی نامه‌ای به وزارت مالیه باز موضوع بازکاوی شده و آمده است «مرقومه شریفه در تحت نمره ۲۶۸/۶۷۶ دایر به اظهارات اداره گمرکات وصول یافت و در باب اختلافات حاصله مابین کمپانی معادن نفت جنوب و اداره گمرکات مطابق امتیازنامه فصل راجع به این مطلب از این قرار است (تمام اسباب و آلات لازمه برای تفتیش و تفحص و استخراج معادن و بسط آنها و کذلک به جهت تاسیس لوله‌ها در وقت ورود به ایران به هیچ‌وجه من‌الوجوه حقوق گمرک را نخواهد پرداخت) به‌طوری‌که ملاحظه می‌فرمایید به هیچ وجه از اثاث‌البیت و ملزومات دفتری این فصل اسمی برده نشده و عقیده وزارت فواید این است که مطابق این فصل امتیازنامه گمرک اثاث‌البیت و ملزومات دفتری را باید بدهد سواد امتیاز‌نامه کمپانی را هم که خواسته بودند لفا ارسال نمود.»

از طرف دیگر انگلیسی‌ها و صاحبان شرکت نفت نیز همواره از گمرکات ایران به خاطر نقض امتیازنامه شکایت داشتند و به صدیق‌السلطنه در ۲۹ سپتامبر ۱۹۰۹ این‌گونه نوشته‌اند «جناب صدیق‌السلطنه، این خبری که این اواخر رسید از ایران اسباب تعجب شد که گمرک خانه اعلیحضرت امپراتوری در محمره مضمون امتیازنامه را که ما داریم درست در تحت ملاحظه درنمی‌آورند.

و تازه ما شنیده‌ایم که اجزای گمرک‌خانه در محمره مطالبه گمرک از بعضی اشیا می‌نمایند که آنها لازم بود برای کار و عملیات در حالی‌که از اینها گرفته‌اند و سایر چیزها را نگرفته‌اند و این اشیا را لزوما نماینده ما برای کار لازم داشت محض اینکه معطل نشود اجرا کرده است. گمرک اینها را مجبورا و من‌خواهم نوشت صورتی از آن برداشته بفرستند که شما هم بر حسب شکایت ما این مبلغ را استرداد نمایید و در این میانه از شما خواهش دارم محبت کرده اظهارات لازمه را به دولت علیه بکنید که احکام لازمه به گمرکات صادر فرمایند که اشیا حمل شده به‌واسطه این کمپانی را معطل نکرده و مطالبه گمرک ننمایند.»