مجلس شورای ملی به عنوان نهادی که در شروع دوران مشروطه توانایی داشت بر دولت و شاه نظارت کرده و با تصویب قانون مانع از استبداد شود در کانون تخریب قرار گرفت و به توپ بسته شد و برخی از نمایندگان مجلس فراری و زندانی شدند. به همین دلیل، مجلس اول پیش از اینکه دوره قانونی خود را سپری کند، تعطیل و منحل شد. در این دوران بود که آزادیخواهان و مشروطه‌خواهان تلاش کردند تا شاه مستبد را به زیر بکشند.

بعضی از نمایندگان مجلس اول در کنار سایر آزادیخواهان قرار گرفته و احمدعلی میرزا ولیعهد که شاهزاده خردسالی بود را شاه کردند. دومین دوره قانونگذاری مجلس پس از ۱۶ ماه فترت در ۲۴ فروردین‌ماه ۱۲۸۸ افتتاح و نخستین جلسه رسمی آن در ۲۷ فروردین همان سال برگزار شد.

نظامنامه مجلس دوم در ۱۰ تیرماه ۱۲۸۸ توسط یک کمیته ۲۰ نفره از رجال منتخب دولت و انجمن تبریز که از طرف سایر انجمن‌ها نمایندگی گرفته بود تهیه شد. تعداد نمایندگان دور دوم مجلس شورای ملی از ۱۶۰ نفر دوره اول به ۱۲۰ نفر کاهش یافته بود و حداقل سن کاندیداها به ۲۰ سال کاهش یافت و هر کاندیدا باید ۲۵۰ تومان ثروت یا ۱۰ تومان پرداخت مالیات یا ۵۰ تومان عایدی سالانه داشت. در نظامنامه جدید، انتخابات از انحصار طبقاتی بیرون آمد. احزاب دموکرات و اعتدالیون که شامل بی‌طرف‌ها و طبقه اعیان و بانفوذان آن می‌شد توانستند اکثریت مجلس را در اختیار بگیرند. در مجلس دوم، تجار تقریبا حذف شدند و نیز شمار روحانیون کاسته شد.

از جمله اقدام‌های اساسی مجلس دوم، استخدام مستشارانی از کشورهای آمریکا، سوئد و فرانسه برای اصلاح امور دارایی و دستگاه‌های اداری مثل ژاندارمری، شهربانی و وزارت کشور بود. مورگان شوستر آمریکایی که براساس اجازه مجلس به استخدام ایران درآمده بود و خزانه‌دار کل ایران شده بود با کارشکنی روس‌ها مواجه شد. مجلس که با تهدیدهای جدی از طرف روس‌ها روبه‌رو شده بود، اولتیماتوم را پذیرفت و روش منفی که تحریم کالای روسی بود را به عنوان روش مبارزه انتخاب کرد. ناصرالملک، نایب‌السلطنه ایران در این روزها به تحریک روس‌ها با ادامه کار مجلس دوم مخالفت کرد. تهدید روس‌ها و همراهی نایب‌السلطنه موثر واقع شد و در ۳ دی‌ماه ۱۲۹۰ شمسی منحل شد. شماری از نمایندگان و هیات دولت به فرمان نایب‌السلطنه به قم تبعید شدند.

از رویدادهای مهم دومین دوره مجلس شورای ملی، قیام فئودال‌ها و برادران شاه مخلوع در آذربایجان و کردستان و سایر نقاط بر ضد حکومت ملی بود که مجلس در کانون و مرکز آن قرار داشت.

نمایندگان مجلس در برابر این کارشکنی‌ها در ۷ مرداد ۱۲۹۰ قانونی تصویب کردند که به موجب آن ۱۰۰ هزار تومان جایزه برای اعدام محمدعلی میرزا و ۲۵ هزار تومان برای قتل برادران او تعیین شد. قانون‌های مهمی که در این دوره تصویب شد را می‌توان به شر ح زیر دانست:

۱- قانون اساسی معارف در ۹ آبان ۱۲۹۰ که به موجب این قانون کلیه دستگاه‌های تعلیم و تربیت «دولتی و ملی» تحت نظارت وزارت فرهنگ درآمد و تعلیمات ابتدایی در سراسر کشور برای کودکان از ۷ سالگی به بعد مجانی شد.

۲- قانون جدید انتخابات مجلس شورای ملی در ۲۹ مهرماه ۱۲۹۰ به تصویب مجلس رسید که براساس آن، انتخابات به‌صورت مخفی و مستقیم برگزار شود.

۳- تصویب قانون دیوان محاسبات عمومی در ۴ اسفند ۱۲۸۹ از دیگر اقدام‌های مجلس دوم بود.

۴- قانون ثبت اسناد و قانون محاسبات عمومی و قانون موقتی اصول تشکیلات عدلیه از مصوبات مجلس دوم بود. صادق خان مستشارالدوله، میرزا اسماعیل خان و محمدعلی خان ذکاءالملک، روسای دوره دوم بودند.