انتخابات سوم ریاست جمهوری در حالی برگزار شد که پس از شهادت شهیدان رجایی و باهنر، کابینه موقت به مسئولیت آیتالله مهدویکنی تشکیل شده بود و در شرایط حساس و بحرانی امور اجرایی کشور را بر عهده داشت.
آیتالله مهدویکنی میگوید: بعد از اینکه آیت الله خامنهای به ریاست جمهوری انتخاب شدند، در هیئت دولت گفتم رئیسجمهوری هم معلوم شد. استعفا میدهم، آنها هم از این امر استقبال کردند.