تغییرات نظام قضایی در واقع از اوایل قرن نوزدهم شروع شده بود. فتحعلی شاه در میان وزرایش وزیر عدلیه هم داشت که مطابق روایت عبدالله مستوفی تحت عنوان «صدر»-کوتاه شده صدر دیوان- شناخته می‌شد. پسرش عباس‌میرزا نایب‌السلطنه هسته اصلی اصلاح‌طلبان ایرانی بود. در میان تغییرات نوسازی متعددی که او بنیان نهاد، مشاهده می‌کنیم که عباس‌میرزا در حوزه قضایی سعی کرده است از انتصاب قضات صالح و توانا در محاکم شرع اطمینان خاطر حاصل کند. همچنین دیوان‌خانه جدیدی در تبریز، محل حکومتی خودش تشکیل داد تا مراقب قضاتی باشد که برای سایر شهرهای آذربایجان به کار گمارده می‌شدند.

اینکه نظام جدید چقدر موثر بود و آیا توانست باعث بهبود کیفیت روند قضایی شود، مشخص نیست. فتحعلی‌شاه به تحریک منوچهرخان معتمدالدوله یک دیوان مرکزی یا محکمه عدالت در دهه ۱۲۴۶ ه.ق (۱۸۳۰م) به‌وجود آورد که مرکب از چهار عضو بود (سه عضو غیر مذهبی و یک عضو مذهبی) و منوچهرخان آن را اداره می‌کرد. به نظر می‌رسد که این محکمه نزد مردم و علما معتبر بوده است. به هرحال به‌دلیل این حقیقت که کارکرد محکمه برخلاف منافع اعضای متنفذ دستگاه اداری بود، محکمه موقوف شد. اینکه آیا این محکمه تقلیدی از محکمه عباس‌میرزا بود، مشخص نیست؛ اما شکی نیست که همان شرایط منجر به تشکیل آن شد. اینکه عباس‌میرزا در اجرای برنامه‌هایش تنها نبود، از این حقیقت آشکار می‌شود که وقتی یکی از همکاران نزدیکش (میرزا ابوالقاسم قائم‌مقام) از سوی محمدشاه به‌عنوان صدر اعظم تعیین شد، دیوان عدالت را به‌وجود آورد. رئیس این محکمه امیر دیوان‌خانه نامیده می‌شد. سایر اعضای محکمه به این شرح بودند: ۱) صدر دیوان، نماینده علما. ۲) امیر دیوان، یک خواجه که برای رسیدگی به امور زنان انتخاب شده بود. ۳) امیر نجبا نماینده اشراف خاندان قاجار. ۴) امیر لشکر، نماینده نظامی. ۵) مستوفی دیوان، ناظر امور مالی. ۶) ناظم عدالت، دادستان کل و ۷) منشی‌باشی یا منشی کل محکمه.

پرونده‌هایی را که محکمه به آن رسیدگی می‌کرد توسط منشیان یا محرران مهیا می‌شد. محکمه همچنین یک شعبه اجرای احکام داشت. نایب فراش به دعاوی تهران رسیدگی می‌کرد، حال آنکه نایب غلام مسوول رسیدگی به دعاوی ایالات بود. نایب خلوت مسوول رساندن گزارش‌های دیوان به شاه بود، حتی هنگامی که به خلوت رفته بود، به علاوه او باید جزئیات محکمه را تکمیل می‌کرد.

از آنجا که شاه تنها منبع قدرت و قبله عالم بود، امیر دیوان هرگاه به هرجا که می‌رفت از افتخارات ملوکانه بهره‌مند می‌شد. از آنجا که او نماینده مستقیم سایه خدا، ظهورالحق (تجلی عدالت) محمدشاه بود. بنابراین مشمول الطاف شاهانه می‌شد. طی پنج سال نخستین، به‌نظر می‌رسد که دیوان جدید، به دلیل نو بودنش بی‌شک شهرت زیادی برای عدالت‌گستری به‌دست آورد. بعد از این دوران اولیه به تدریج تاثیر آن در ایام زمامداری صدراعظم جدید حاج میرزا آقاسی کاهش یافت. در اواخر ایام حکومت محمدشاه اگرچه دیوان رسما وجود داشت، لکن دیگر نقشی نداشت. تنها تحولی که در دوران صدارت حاج میرزا آقاسی در حوزه نظام قضایی صورت گرفت، صدور فرمان سلطنتی درباره ورشکستگی بود که به منظور حمایت از بازرگانان بریتانیایی در جمادی‌الاول ۱۲۶۰ صادر شد. این فرمان به اصرار دولت بریتانیا صادر شد و در نتیجه رسیدگی به دعاوی ورشکستگی از عهده محکمه شرع برداشته شد. به علاوه از طریق دیگر هم تاثیر محاکم شرع کاهش یافت. یعنی به واسطه لغو کلیه دارالامان‌هایی که در منزل اشخاص قرار داشت، به جز مساجد بزرگ، اماکن مقدس نظیر خانه‌های علمای شهیر و قصرهایی که از زمان‌های قدیم ملجا و ماوا بوده‌اند.

منبع: ویلم فلور، امین بنانی، نظام قضایی عصر قاجار و پهلوی، ترجمه حسن زندیه، پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات فرهنگی، 1388.