یکی از این مشکلات، الگوی کشت نامناسب است. به باور بسیاری از کارشناسان، الگوی کشت کشاورزی در ایران باید تغییر کند، چرا که ادامه روند فعلی می‌تواند آسیب‌های جدی را به منابع آبی و خاکی کشور کشور وارد کند. الگوی کشت در سطح مزرعه اتفاق می‌افتد و می‌تواند شامل فعالیت‌های زراعی و دامی شود. اصول مدیریت مزرعه تاکید می‌کند که بایستی ترکیب متناسبی از فعالیت‌های گوناگون در مزرعه به اجرا گذاشته شود، به نحوی که سود کشاورز را حداکثر کند یا ریسک وی را حداقل کند. بنابراین هر سیاستی که به اجرا در می‌آید، بایستی یکی از این دو کارکرد را برای کشاورز به همراه داشته باشد. یک مدیر مزرعه به نحوی تصمیم می‌گیرد که وی را حداقل به یکی از دو هدف ذکر شده برساند و هرگونه سیاستی که بتواند وی را به این دو منظور برساند، احتمالا از سوی وی مورد پذیرش واقع خواهد شد.

از همین رو سیاست‌های متفاوتی در طی ۴۰ سال اخیر به اجرا درآمده است. بیشتر این سیاست‌ها توفیقی در پی نداشته‌اند. برای نمونه اجرای طرح نکاشت در اطراف حوزه دریاچه ارومیه شکست می‌خورد یا تمامی تلاش‌ها برای عدم حمایت از کاشت برنج در استان‌های غیرشمالی، هیچ‌گونه اثر عملی بر تصمیمات کشاورز نمی‌گذارد. به همین علت لایحه تغییرات در الگوی کشت از سال ۱۳۸۸ نیز در دولت معطل مانده است. گاه این برداشت ایجاد می‌شود که احتمالا سیاست‌های دستوری توانایی لازم را برای ایجاد تغییرات متناسب نداشته‌اند و تنظیم آنها از اساس آب در هاون کوبیدن بوده است. یکی از دلایل این عدم توفیق در اجرای این سیاست‌ها، عدم توجه به واقعیت‌های فرآیند تصمیم‌گیری کشاورزان است. چرا که ممکن است همین الگوی کشت فعلی، بهترین ترکیبی باشد که کشاورز طی سال‌ها تجربه به آن رسیده است و در واقع عقلایی‌ترین تصمیمی است که وی می‌توانسته اتخاذ کند.

بنابراین آن چیزی که باعث شده است سیاست‌های تغییر در الگوی کشت ابتر بماند، عدم آشنایی با ماهیت مساله است. الگوی کشت مبتنی بر تفکر مدیر مزرعه است و مولفه‌های اقتصادی، اقلیمی، اجتماعی و حتی سیاسی و فرهنگی نیز بر این تفکر اثرگذار هستند، از این رو برای تغییر در الگوی کشت، ابتدا باید نوع تفکر و نگرش مدیر مزرعه را تغییر داد. بعضا تغییر در نگرش کشاورز نیازمند گذشت سال‌های زیادی است و به همین ترتیب تغییر در الگوی کشت هم امری زمانبر خواهد بود. تجربه کشاورزی در ایران و جهان نشان داده است که تغییر در الگوی کشت به سختی اتفاق می‌افتد، برای مثال سطح زیرکشت گروه غلات در حدود ۷۳ درصد از محصولات زراعی است که در طی ۴۰ سال اخیر تقریبا ثابت بوده است. یا سهم محصولات جالیزی نیز بدون نوسانات معنی‌داری، کمتر از ۳ درصد گزارش شده است. بنابراین تمامی سیاست‌هایی که در طی این سال‌ها معطوف به تغییر در الگوی کشت اجرا شده است، نتوانسته تغییری در ترکیب کشت محصولات زراعی در ایران انجام بدهد.

انتخاب الگوی کشت حلقه نهایی از تصمیمات کشاورز است و مجموعه عوامل بسیاری در این تصمیم وی نقش داشته‌اند. بنابراین هرگونه سیاستی که قصد تغییر در آن را داشته باشد، باید عواملی را که منجر به این تصمیم می‌شود تغییر دهد. برای نمونه اگر قصد داریم که گیاه زراعی خاصی در ترکیب جدید مزرعه قرار گیرد یا گیاه دیگری از الگوی کشاورز حذف شود، باید عوامل بیرونی را به نحوی تنظیم کرد که کشاورز همان ترکیب مورد نظر سیاست‌گذار را اتخاذ کند. برای نمونه می‌توان به دو نمونه از این عوامل اشاره کرد: اولی اصلاح سیستم بازار و بازاررسانی محصولات کشاورزی است. بایستی کشاورز بیشترین و عادلانه‌ترین سهم را از قیمت نهایی داشته باشد. یک نظام کارآمد بازاررسانی منجر به افزایش در درآمد و افزایش در قدرت تغییر تفکر و نگرش کشاورز برای ایجاد ثروت بیشتر خواهد شد. بنابراین مدیر مزرعه برای ایجاد پایداری در تولید و سود بیشتر، تشویق می‌شود تا سیاست‌های بالادستی را بپذیرد، چرا که سود پایدار وی را تضمین می‌کند. یک راه‌حل دیگر، انجام کشاورزی بر مبنای قرارداد است. در این نوع از کشاورزی، قراردادی برای یک مدت معین بین یک کشاورز و یک شرکت پیش از آغاز فرآیند تولید منعقد می‌شود. مهم‌ترین نقش این نوع از کشاورزی کمک به کاهش ریسک ناشی از فروش و درآمد محصول است. بنابراین در این روش الگوی کشت پایدار مد نظر شرکت به اجرا گذاشته می‌شود. مجموعه‌ای از تصمیمات این چنینی می‌تواند کمک بسیار بیشتری در رسیدن سیاست‌گذار به اهداف خودش باشد، والا کشاورزی به خاطر ذات خصوصی بودنش، اهمیت چندانی به سیاست‌های دستوری نخواهد داد.